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培养基在使用之前必须进行灭菌处理，通常来说使用最多的是压力蒸汽灭菌法，但对于某些培养基（xld sc 等）来说，高压条件会破坏培养基中的某些成分，因此只能采用加热灭菌的方式进行处理。
一、固体培养基的加热灭菌（以XLD培养基为例）
1.准确称取200ml培养基的量11.4g,加入到装有210ml去离子水（10ml为5%的水分损耗）的搪瓷缸中，用玻璃棒搅拌至无干粉完全溶解。
2.将搪瓷缸置于电磁炉上，一边加热，一边搅拌，当液面完全沸腾后,立即将搪瓷缸从电磁炉上拿开，算是一次煮沸操作；液面回落后，立即放回电磁炉，重复上面的步骤，总共煮沸4-6次即可。

二、液体培养基的加热灭菌（以SC培养基为例）
液体培养基的称量溶解过程都和固体加热灭菌的操作方法一样，不同的是在微波炉上加热至微微沸腾后需迅速置于冰水中降温，待其完全冷却后分装至无菌试管备用。
这是因为SC液体培养基中含有亚硒酸氢钠，过分加热会使其分解，导致培养基选择性下降，影响实验结果判断，因此只能轻微加热。
正常加热灭菌的SC培养基，为淡黄色澄清透亮的液态。过分加热灭菌的SC培养基，为红色液态，此时则不能使用。