黑土之肥沃、甚至黑土之黑都与微生物活动息息相关。由于长期过度垦殖和管理不当，黑土区营养物质入不敷出，土壤结构及理化性质改变，微生物组成与活性随之改变，有机质含量显著下降，黑土质量逐步退化。
要保护东北黑土地土壤生态系统、发挥其生态服务功能，首先必须认识这一生态系统，也就是要回答以下几个问题，即哪些微生物在哪儿？为什么在那儿？在那儿做什么？目前，相关研究严重滞后，原因之一是投入不足，更主要的是研究手段的长期欠缺。据估计，土壤中99%以上的微生物种类目前还不能够人工培养。但近年来，基因组学、生物信息学、单细胞/单分子技术、稳定同位素技术等新研究手段迅速发展并广泛运用，现在已经可以绕过人工培养这一限制步骤，高分辨率地解析任意一个环境中微生物的种类及其作用，因此，全面启动东北黑土微生物区系系统研究的时机已经成熟。
为此，建议：一是建立东北黑土微生物研究网络，组织有关科研机构和大学的研究力量，分工协作，采用最新研究方法，对不同纬度、不同类别、不同植被覆盖、不同耕作状态的黑土生态系统开展长期的系统跟踪研究，认识黑土微生物的区系特征，在有机质代谢、养分转化中的作用以及对环境变化和管理手段的响应机制。二是建立东北黑土土壤微生物基因组库和相应的数据库，建立东北黑土地微生物区系档案和土壤健康指标体系。三是以培育健康微生物区系为目标，对有机质还田、有机肥/化肥搭配、耕作方式、水分管理等手段进行评估和优化，形成政策措施，推动黑土地资源的可持续利用。
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