根据国家法律和相关标准要求，微生物指标为产品出厂必检项目。而当前国家标准检测方法由于检测周期长，对检验人员能力要求高等原因，在食品企业内没有很好地开展，而在巴氏杀菌乳和发酵乳等保质期短的产品出厂检验中，不进行致病菌检测已经是行业潜规则。
现行食品安全微生物学检验国家标准基本以培养分离法为主，而这些检测方法由于人为干扰、交叉污染及其方法本身的局限性，会对检测造成较大风险：可靠性较低、重现性较差、周期长、依赖专业人员的判断能力和从业经验等主观因素，耗费人力物力，导致检测风险变大而效率变低，妨碍了标准化质控管理，降低了用户出具报告时的自信心。调研发现，现行标准的执行存在以下困难：
1.人为干扰：大量人工操作、主观判断因素等导致批间差异较大，缺乏重现性。
2.交叉污染：微生物环境、人员、器具和仪器之间易产生交叉污染。
3.经验缺乏：专业人员的培训困难、耗时;同时实验室检验人员的资质、经验和主观判断力也极大影响了数据可靠性和检验结论的正确性。
4.方法局限：
1)灵敏度和特异性低，漏检率高：如沙门氏菌检出率比分子生物学方法低12.5%，大肠杆菌O157:H7检出率低45.3%。国内食源性致病微生物监测能力有限，漏检率极高。WHO显示，发展中国家的漏检率>95%。
2)培养基质量：国内的培养基质量层次不齐，影响检测结果。
3)食品种类对检出结果影响大：检测结果易受抽样品种和抽样量影响。目前许多检测法都没通过权威机构的方法确认，可靠性得到不到保障。
4)背景菌干扰或目标菌的状态问题突出：目标菌受背景菌干扰或处于非典型状态，很难被培养和检出。某些目标菌表型和血清型复杂，阳性菌落易被忽视或难以确认。
5.任务繁重：工作量大而集中。
6.人力、物力、时间成本大：传统法检测致病菌需要3~5天才能得到初步结果，无法满足大工作量和处理突发事件的需要。
对乳品企业而言，自身的环境监测和生产过程控制比样品检测更为重要。确保厂区内洁净作业区的设施和环境不会对产品带来微生物污染，才能真正保证产品安全。而传统的方法很难满足微生物风险评估、监测和污染溯源的需求。面对日益严峻的微生物风险的挑战，面对如此之多棘手的检测难题，面多越来越严格的法规要求，乳品企业急需基于DNA分析技术的高效检测设备以满足未来的应用需求。
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