美国媒体认为，这场疫情主要源头，很可能来自罗纳德·里根医学中心使用了带有“超级细菌”的内窥镜，导致患者感染。
被指为“罪魁祸首”的那款内窥镜，是一款有特殊用途的内窥镜，名为“十二指肠内窥镜”。它主要用于诊疗胰脏炎、胆结石、胆管问题和癌症等。
它从口腔进入人的肠胃，而有一些内窥镜则从肛门进入肠道。它的顶端主要在十二指肠（小肠的最前端，与胃连接）工作。
内窥镜的顶端有光源和摄像头等，使用“内窥镜逆性胆管造影术”，产生影像。顶端还有一个“升降机”，主要用于调整观察角度。
美国医疗设备消毒专家布雷特·彼得森说，“升降机”附近很容易滋生细菌，“升降机”连接的一根极细的“电线”，也很容易受到污染。
内窥镜的顶端还有喷嘴和通道，一些用来喷射气体药物，一些用来喷射液体药物，还有一些是“微型机器人”的通道。这些喷嘴和通道也容易滋生细菌。即使严格消毒仍有可能有病菌残留。
罗纳德·里根医学中心相关人员介绍，院方从2014年6月开始使用日本奥林巴斯公司美国分公司制造的一款内窥镜。多名患者出现不适后，院方已经改用另外一套更加严格的内窥镜清洗和消毒程序。
但在2月19日，美国食品和药物管理局向全国医院发布通知，提醒医生们注意：内窥镜结构复杂、部件极小，极难清洗和消毒；即便是完全按照规定程序加以清洗，内窥镜上仍有可能残留病菌。
美联社报道，美国平均每年有超过50万人接受内窥镜检查。2013年1月至2014年12月，美国食品和药物管理局接到75起可能因内窥镜残留病菌致人患病的报告，总共涉及135名患者。
2013年，美国伊利诺伊州曾发现有44人感染这种类似的“耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌”，原因也是在接受“十二指肠内窥镜”检查时受到感染。
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