大肠菌群是评价食品卫生质量的重要指标之一，目前已被国内外广泛应用于食品卫生工作中。
定义：需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽胞杆菌。一般认为该菌群细菌可包括大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷白氏菌和阴沟肠杆菌等。
大肠菌群是作为粪便污染指标菌提出来的，主要是以该菌群的检出情况来表示食品中有否粪便污染。大肠菌群数的高低，表明了粪便污染的程度，也反映了对人体健康危害性的大小。
粪便是人类肠道排泄物，其中有健康人粪便，也有肠道患者或带菌者的粪便，所以粪便内除一般正常细菌外，同时也会有一些肠道致病菌存在（如沙门氏菌、志贺氏菌等），因而食品中有粪便污染，则可以推测该食品中存在着肠道致病菌污染的可能性，潜伏着食物中毒和流行病的威胁，必须看作对人体健康具有潜在的危险性。
大肠菌群细菌多存在于温血动物粪便、人类经常活动的场所以及有粪便污染的地方 ,其最适宜的生存环境是在37℃,与人体体温接近,所以人为的带入大肠杆菌,是食品中大肠杆菌非常重要的来源,而空气由于温度和湿度的影响,大肠菌群不容易生长.为此出现的大肠杆菌超标很大程度上表明我们车间的个人卫生不理想,造成了严重的污染要引起我们的高度重视.另外在一段时间里我们车间空气检测出大肠菌群超标,这是由于车间的卫生清理不彻底,造成细菌的大量繁殖,所以在相同剂量杀菌时不能有效灭菌,在配制消毒剂时相应增大了浓度.
肠杆菌为人和动物肠道中的常居菌，一般多不致病，在一定条件下可引起肠道外感染。某些血清型菌株的致病性强，引起腹泻，与人类疾病有关的大肠杆菌，统称为致泻性大肠杆菌。
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