一、采集条件
1、具有与采集病原微生物样本所需要的生物安全防护水平相适应的设备，包括个人防护用品（隔离衣、帽、口罩、鞋套、手套、防护眼镜等）、防护材料、器材和防护设施等。
2、具有掌握相关专业知识和操作技能的工作人员。
3、具有有效的防止病原微生物扩散和感染的措施。
4、具有保证病原微生物样本质量的技术方法和手段 。
5、采集过程中应对标本的来源、采集过程和方法等作详细记录。
二、标本种类：血、尿、便、痰、咽拭子、脑脊液、器官组织、渗出液等。
三、样本容器：无菌、耐用、防渗漏样品容器可以是玻璃的，但最好使用塑料制品。无菌螺口塑料管(外螺旋盖、带密封垫圈)，可耐深低温。
四、采集原则：早、快、近（病变部位）、多、净。
五、病原微生物
霍乱： 在病人使用抗菌药物前采粪便或肛拭子放入碱性蛋白胨水或卡—布运送培养基中送检；外环境未消毒处理前采集可疑水源和食品，水体可直接采水法或纱布块集菌法，食品一般取50-100克样品放入无菌广口瓶或塑料袋内。
鼠疫 ：发病早期采血、痰、淋巴结穿刺液，采静脉血5ml，其中3 ml分离血清供血清学检测用，其余作镜检、培养和接种动物作分离病原体用。另根据各型特点，采集不同部位的材料。
伤寒副伤寒 ：发病早期未用抗菌药前采血，静脉采血3-5 ml，分离血清备用，搅碎血块，放入20-30 ml葡萄糖胆汁肉汤中作分离培养，如取粪便作病原分离，应在用抗菌素前或停药后2天采新鲜粪便3-5克。
细菌性痢疾 ：病原分离在使用抗菌药前采肛拭或留便送检。
流行性脑脊髓膜炎 ：采集病人咽拭子作直接镜检和病原分离，尽量将培养皿保温带到现场，进行床旁接种，并注意保温运送；采发热期静脉血2-3ml，分离血清，既可作快速测定抗原亦可作为双相血清测特异性抗体。
钩端螺旋体： 采发病早期和恢复期血液分离血清作抗体检测；采病人尸体或解剖动物的肾、肝、肺淋巴结。
布鲁氏菌 ：布鲁氏菌既可感染人和家畜，又可感染和寄生于几十种野生动物，因此要根据具体情况进行采样。
肘静脉抽取病人及可疑者血2-5 ml，放入含5%柠檬酸钠液的试管中作病原分离培养用；牲畜从颈静脉采血，处理方法同上。
动物流产胎儿 各类牲畜的流产胎儿清水冲洗后，放入3%的来苏儿液中浸泡30分钟以上，在无菌条件下解剖，分别从淋巴结、肝、脾、胃内容物、肺和脊髓取样，直接接种于培养基上。
炭疽：病人血、痰、粪便、脑脊液按常规方法采集，溃疡渗出物用无菌棉棒涂擦患部后插入肉汤培养基中，注意棉棒要沿管壁挤压、涮洗，加塞送检。
尸检样品一般剪取耳尖或指端一小块，直接在平皿培养基上和玻片上压印供分离培养和染色镜检，注意除非特别需要，一般不作大型动物的剖检，以防止造成环境的持久污染。已宰杀的牲畜，脾、肝、淋巴结是首选检样，
空气样品用空气采样器采集；土壤每份取5-10克，草和其它可剪取2-5克，坚固物体用湿棉棒拭表面采样。
甲型肝炎：采发病早期新鲜粪便5克于无菌的容器内送检(病原分离)；采急性静脉血3 ml分离血清供HAAg全抗体（IgG、IgM）检测用，还应注意收集恢复期血清。
脊髓灰质炎：于急性期（越早越好），一般麻痹后2周内采新鲜粪便5克于无菌容器内，次日（间隔24h以上）再采1次。
流行性感冒 ：采发病3天内流感样病例（T≥38℃、伴有咽痛或咳嗽症状之一者,缺乏其它实验室确定诊断依据 ）的咽拭子或鼻咽拭子放入5 ml采样液中或用采样含漱液采样，冷藏运送至实验室。没有服用过抗病毒药物 。
麻疹：作病毒分离的样品，要在前驱期或出疹初期采咽拭子放入病毒保存液中迅速送回实验室；作血清学诊断的样品，则在出疹后1周-2周采血，必要时间隔1周再采1次 。
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