真菌的基本结构为菌丝（hypha) 和孢子（spore) 。
一、菌丝Hypha
在适宜条件下，真菌由于包子生出芽管，逐渐延长呈丝状，生物学上把真菌的每一根细丝叫菌丝(图2 - 5) 。菌丝所形成的集团称为菌丝体（mycelium ) 。
1.单纯菌丝为分枝或不分枝，有隔或无隔，有色或无色的管状组织。绝大多数真菌都有单纯菌丝，但一些酵母菌和少数致病性真菌也可无菌丝，如新型隐球菌。
2 . 球拍状茵丝系在菌丝的隔膜部位膨大如球拍状，排列规则。如石膏样小于包子菌。
3 . 破杭状菌丝菌丝一侧见不规则之凸起，像热水烫过的梳子一样梳齿参差不齐。如黄癖菌。
4 . 螺旋状菌丝菌丝有规则的旋转，呈螺旋状，为螺旋状菌丝。如石膏样毛癖菌。
5 . 结节茵丝又称结节器官，菌丝扭曲交织成团，似服装上用布条打结系成的钮扣一样。多见于石膏样小孢子菌。
6 . 鹿角状菌丝菌丝顶端有不规则分枝，圆角，不分隔，胞质浓，如鹿角状，故而取名。分枝较多时犹如烛台状，见于黄癖菌。
7. 关节菌丝菌丝分隔形成许多大小相等的厚壁抱子，又称节抱子，节抱子相连，组成关节菌丝。此种菌丝多见于粗球抱子菌。
8 . 假菌丝这种菌丝不是真正的菌丝，是袍子出芽，产生芽生抱子，芽生于包子互相连接延伸形成类似菌丝状物，便为假菌丝。真假菌丝之区别: 真菌丝壁两边平行，不交叉，而假菌丝则反之;真菌丝可有分隔，而假菌丝则无分隔。
二、孢子Spore
孢子是真菌的生殖结构，是真菌繁殖的微小单位。抱子的大小(小者1~2μm ，大者可达200μm 或更大形状、功能和形成方式各不相同。孢子可分为有性抱子和无性抱子。
1.无性孢子(ascxual spore)无性生殖的孢子，根据其发生方式又可分为叶状孢子、分生孢子及孢子囊孢子。
(1)叶状于孢子: 由菌丝(或母细胞)直接形成的生殖于孢子，故也称为菌丝性孢子，根据其形状又分为3 种(图2 - 6) 。
①芽生孢子: 通过发芽方式所形成的球形或卵圆形细胞为芽生孢子，常见于念珠菌和隐球菌。②厚壁孢子: 是真菌的一种休眠细胞，如黄痒菌、白念珠菌等在一定情况下(如营养不充分，衰老等) ，菌丝胞质中的原生质浓缩，周围形成较厚的壁，很像细菌的芽胞，多为圆形，位于菌丝的顶端或中央，直径大于原细胞的宽度。③关孢孢子: 也称节孢子，由菌丝断裂而形成的方形、长方形、圆形或卵圆形的结构，如地丝菌及球孢子菌。
(2) 分生孢子: 由菌丝分化出来的特殊结构叫分生孢子梗，在分生孢子梗上着生的孢子称为分生孢子。根据其大小及形态可分为大分生孢子( 图2 一7) 及小分生孢子(图2 - 8) ，其形态有圆形、梨形、棍棒形或纺锤形等，无色或着色。
(3) 孢子囊于孢子: 生长于一种囊状结构孢子囊内的孢子，称为孢子囊孢子(图2 - 9) 。孢子囊的形状分为筒状、球状或梨状，其中含有大量孢子囊孢子，常见于毛霉、犁头霉和根霉等。
2 . 有性手孢子(sexua l spore) 真菌有性生殖所产生的细胞基本上有4 种类型(图2 -10) 。
(1)卵孢子: 卵孢子系由配子囊配合后发育成的。配子囊分大小2 种。大者为藏卵器，小者为雄器， 二者接合时雄器的内容物(细胞质与细胞核)经受精管进入藏卵器，与卵球配合后卵球即生出外壁而形成新的孢子，即卵孢子。卵孢子见于藻状菌中的部分真菌。
(2) 接合孢子: 由两个邻近的菌丝相连，相互向对方生长出很短的侧枝，称之为原配子囊。原配子囊相互接近，相互接触，各自在其顶端形成孢壁，隔成一个细胞， 此细胞称为配子囊。配子囊各自形成雄性和雌性配子。相接触的两个配子囊孢壁逐渐消失，细胞质与细胞核互相配合，各自细胞膜破坏，配子融合，周围产生一个新的壁，便形成了接合孢子。
(3) 子囊孢子:此种子孢子存在于子囊中，子囊呈棒状、球状或管状。典型的子囊内有8 个(一般均为2" 个)子囊孢子。子囊孢子的有性繁殖一是由2 个营养细胞(雄雌配子)接合而成(如啤酒酵母) ; 二是从菌丝上生出2 条小枝，分别为雌性产囊器和雄器，雌雄二器相遇，雄器中的内容物向雌器内转移，然后在产囊器中产生数条菌丝，称为造囊丝，最后分别形成子囊。多个子囊被包裹在一个由菌丝组成的包被内，形成一定形状和结构的子实体，称子囊果。
(4) 担孢子:担子包子为担子菌的特殊结构。担子包子菌有双核菌丝。担子起源于双核菌丝的顶细胞。顶细胞内两性细胞核配合后，可产生4 个子核，顶细胞也变大变宽形成担子。由担子上长出4 个小梗，顶端膨大， 4 个子核分别进入4 个小梗内，并分别发育成一个担孢子。
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