菌落计数结果高预示着水质受到了污染且有非水源性细菌的存在，但并不能说明水受到了粪便、未净化的污水等的污染,受污染的水中的细菌大多数为土壤中的腐生菌。因 此，仅凭菌落计数结果高不能说明就有肠道致病菌存在，但菌落计数高确实让人不可接 受、因为它增加了食品的危害性。
粪便污染可导致水中肠道致病菌的存在,这些细菌包括大肠埃希氏菌、类肠球菌、产 气荚膜梭状芽孢杆菌，也可能有如沙门氏菌、大肠杆菌0157:H7弯曲杆菌、霍乱弧菌和 耶尔森氏菌等肠道致病菌的存在。在一定条件下，肠道致病菌能在水中存活相当长时间
一些病毐性疾病也可通过水进行 传播。目前浓缩和检测病毒的方法主要是检测组织细胞培养后产生的细胞病变。许多质 量保证实验室还不具备病毒检测的能力
许多原生动物也存在引起水源性疾病的危害，这些病原微生物有小球隐孢子虫 、表吮贾第虫和痢疾变形虫。这些原生动物可产生包囊而抵制不利的环 境因素，例如经氯处理的水中，小球隐孢子虫的包囊对氯的抵抗力很强，而含有这种原生 动物的饮用水中很容易引发疾病。1993年，在芙国密尔沃基的一次大的流行病中，估计 约有403000人被感染。美国环境保护署建议饮用水中的小球隐孢子虫和表吮贾第虫的 包囊数的检出限为＜1个/L世界卫生绀织(WH0，1993)已讨论过检测隐 孢子虫和贾第虫的浓缩方法。在英国，已研制出用筒式滤器(一次可处理100L水样）处 理水样的方法。过滤后再将滤膜上收集的物质洗涤、离心后悬浮到葡萄糖溶液中，碘液染 色后用显微镜观察贾第虫的包囊；而隐孢子虫包囊则用荧光染色标记的抗体进行染色。 现在己经有用于这类原生生物检测的改进的商品化的抗体检测系统。免疫磁珠捕捉技术 也在加紧研制之中
水中其他微生物的危害还包括由蓝藻细菌产生的毒素。 如鱼腥蓝细菌、颤蓝细菌、蓝束丝蓝细菌、节 球蓝细菌、微胞蓝细菌、念珠蓝细菌和筒胞蓝细菌等产生的毒素
另一类危害是由铜绿假单胞菌属的条件致病菌所引起的。 这类细菌作为腐生菌广泛存在于自然环境中，能在许多水生环境中生存、生长和繁殖。饮 用水中的铜绿单胞菌通常并不引起肠炎等疾病，但却能造成伤口感染等接触性疾病的发 生（WHO，1996)。
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