“指示菌”一词可用于任一群在分类学、生理学或生态学上相似的微生物，它们的存在 与否可指示样品在过去或现在所具有的而不能直接证明的某些特征。指示菌通常是肠道 菌,但某些情况下其他菌群也可作为指示菌。例如，如果食品已经过热处理，但依然存在 革兰氏阴性菌，说明热处理不够彻底(相对于这些细菌的起始数)或热处理后又被污染、 大肠菌群只是革兰氏阴性菌的一类,对热处理没有太灵敏的指示作用,但现在仍使用大肠 菌群计数检测食品的热处理后的效果。
“指标菌”一词是1977年(Mossel，1981，1982)由Ingram提出，作为指示生态特征相 似的一类致病菌的可能存在的标志，同时保留了上段所定义的指示菌含义
指示菌用于品质鉴定的历史可追溯到饮料添加剂中的微生物检测，当时用大肠杆菌 等肠道共生菌的检测来指示是否有肠道致病菌存在。即大肠杆菌被用作指示菌(或我们 所定义的指标菌），指示菌需满足以下条件：
(1) 凡有致病菌存在的地方就要有它的存在；
(2) 数量要比致病菌多得多；
(3) 对环境或其他处置过程的抵抗力比致病菌强。
多年来，指示菌的使用都能满足这些条件;例如沙门氏菌被用作菌株受氯化作用影响 的指示菌，但有证据表明灭活某些病原性病毒要比杀灭指示菌慢得多(Boiide 1977),隐孢 虫属的孢囊对氯消毒法也有非常强的抵抗力。
如果我们将大肠杆菌作为食品中肠道致病菌的指示菌，在对许多食源性疾病的检测 中，按照上述条件,它至少有一条不能满足要求。虽然缺乏直接的证据，但用食品中不存 在大肠杆菌来作为食品的安全标志仍值得怀疑。
食品微生物中理想的指示菌或指标菌的特征如下：
(1)指示菌应能够以一种阳性方式间接指示出要评价的环境； .
(2)它应与被评估的环境有数量相关关系，而且这种关系应便于其自身的评估；
(3) 它应通过简单的特征或反应对细菌的族或种作出明确的判断；
(4) 它在人工培养基中的生长不受任何其他微生物的影响；
(5) 除非其分布的特性与所要评价样品的分布特性一致，否则它在样品中应随机分布。
常用的指示菌和指标菌将在下文分别讨论。
大多数指示菌和指标菌的计数常用选择性培养基,但在复苏阶段使用非选择性培养 基能获得较高的复苏率。
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