霉菌的菌落形态特征鲜明，容易识别。其菌落较大，质地疏松，不透明，呈现或松或紧的蛛网状、棉絮状、绒毛状或毡状，菌落和培养基的连接十分紧密不容易挑取。菌落的正反两面的构造和颜色，以及边缘和中心的颜色和构造都不相同。
菌落正反颜色的差别是由于气生菌丝的子实体和孢子的颜色比营养菌丝的颜色深；而中心和边缘的差别则是因为接近中心的气生菌丝年龄大，分化发育的时间长，比边缘尚未分化的气生菌丝颜色要深，构造也复杂。
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