细菌总数常与菌落总数混用。严格来讲，细菌总数是所有可培养和不可培养的细菌的总数，指一定数量或面积的食品样品，经过适当的处理后，以不依赖于培养的方式进行直接计数。其中包括各种可培养的活菌数、不可培养的活菌数和尚未分解的死菌数。细菌总数通常靠显微镜直接计数获得，通常以1g或1mL或1cm²样品中的细菌总数来表示。
然而，显微镜计数等直接计数法操作繁琐，而且不能反映细菌的存活情况，因而不常被采用。习惯上，人们仍以平板计数（菌落总数）的方法报告细菌总数
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