质控菌种应具有稳定特性，能代表其种并能有效地证明实验室特定培养基的最佳性能。测试菌种应可溯源至国家或国际公认的菌种收藏中心，也可以是实验室自己分离的具有良好特性的菌种，但必须对照标准菌株进行鉴定。实验室应检测和记录储存菌株的相关特性，新复苏的菌种可能会有非特异性反应。最好使用从食品中分离的菌种。
培养基的质控菌种应具备以下性能：具典型反映的强阳性菌种；弱生长的阳性菌种（选择更敏感的菌种）；无生化反应的菌种；完全抑制菌种。
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