估计真菌的总数约为10万~25万，可分成五个亚门。

（1）鞭毛菌亚门（Mastigomycotina）

产生具鞭毛的无性孢子，以单细胞个体或具无横隔的菌丝存在。典型代表为致病疫霉(Phytophora infestans)，可引起马铃薯晚疫病。另一代表Rhizophlyctis rosea为土壤中常见纤维素分解菌。

（2）接合菌亚门（Zygomycotina）

能产生不游动的无性孢子（接合孢子）；菌丝无隔膜。重要代表菌为土壤中的腐生菌，如毛霉(Mucor)、根霉(Rhizopus)。黑根霉(R.nigrocans)长期以来用于柠檬酸的生产。

（3）子囊菌亚门（Ascomycotina）

真菌中最大的一个亚门，大约有1.5万种。营养体除酵母菌为单细胞外，大多数具发达的菌丝体，菌丝体有横隔。产生有性孢子（子囊孢子）。其中的脉孢菌属(Neurospora)和酵母菌属(Saccharomyces)为遗传学家特别熟悉。酵母菌是迄今为止应用最广的真菌。酿酒酵母(S. cerevisiae)广泛用于啤酒和葡萄酒的发酵生产，也用于面包制作等方面。

（4）担子菌亚门（Basidiomycotina）

营养体为单细胞或有隔菌丝，产生有性孢子（担孢子）。著名的食用菌（mushroom）大多属于担子菌，能在有机复合肥上进行商品化生产。

（5）半知菌亚门(Deuteromycotina)

由于只了解其生活周期的一半，故名。营养体结构为单细胞或有隔菌丝，以分生孢子进行无性繁殖。此亚门中的某些属具可观的经济价值，如青霉属(Penicillium)和曲霉属(Aspergillus)。

黑曲霉(A. niger)用于生产柠檬酸和葡萄糖酸。米曲霉(A. oryzae)在食品工业中通过发酵大米和黄豆来生产淀粉水解酶和蛋白水解酶。