病毒基因的产物蛋白质相互作用也可影响病毒的表型，大多发生在实验室，有的也可发生在自然界。
（一）、补偿作用(complementation)
在感染细胞中，同一种病毒的两个毒株、两种相关或不相关的病毒之间由于病毒蛋白质的相互作用，拯救了一种或两种病毒或增加了病毒产量，即为补偿作用。一种病毒为另一种病毒提供了其不能合成的基因产物，使后者在二者混合感染的细胞中得以增殖。如缺损病毒与其辅助病毒间的关系。
（二）、表型混合(phenotypic mixing)
是指两种病毒混合感染细胞后，子代病毒获得二者的表型特性。如流感病毒与副黏病毒共感染(coinfection)时，子代病毒颗粒的囊膜可具有双亲的抗原，但每个病毒颗粒仅含双亲之一的基因组。无囊膜的病毒之间的表型混合可以衣壳转化(transcapsidation)的形式出现，即病毒的衣壳可全部或部分在病毒之间互换，这可改变病毒的嗜性。
（三）、多倍性(polypoidy)
是病毒成熟过程中，出现数个核衣壳被一个囊膜包裹的现象，可见于副黏病毒。
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