致病物质有菌毛、菌体（O）抗原、内毒素和肠毒素。菌毛和0抗原与其侵袭力有关，内毒素导致肠道局部炎症反应和全身性中毒症状，部分沙门氏菌可产生霍乱样肠毒素，导致严重的腹泻。
该菌属可致三类疾病：①伤寒和副伤寒，分别由伤寒沙门氏菌、副伤寒甲、乙、丙沙门氏菌引起；②食物中毒，由鼠伤寒沙门氏菌、猪霍乱沙门氏菌、肠炎沙门氏菌等污染食物引起；③败血症，在儿童及免疫力低下的成人，沙门氏菌感染可引起败血症，甚至化脓性脑膜炎、胆囊炎心内膜炎等。
部分伤寒及副伤寒沙门氏菌感染者或发病后，由于治疗不彻底等原因，可变为慢性带菌者并成为重要传染源，应予以重视。
（二）肠热症的标本采集及分离鉴定
根据病程选择采集标本，初感染时的病毒血症期，粪检阳性率低，因此发病1周内应取静脉血，第1～3周取骨髓穿刺标本，第2～4周时可取粪便和尿液标本。标本应先增菌，然后接种于SS选择性培养基，经37℃培18～24小时后，挑取无色半透明的菌落，接种至双糖铁半固体培养基鉴别，再做生化反应和血清学凝集试验，进一步鉴定。
（三）肥达试验和结果判断
肥达试验的实质上为直接凝集试验。用伤寒菌体（O）抗原、鞭毛（H）抗原和甲、乙副伤寒H抗原。与患者系列稀释血清进行定量凝集试验。正常人因隐性感染和接种伤寒三联疫苗，血清中可存在一定水平的抗体，O凝集价≤1：80，H凝集价≤1：160.若O和H效价均增高且超过上述水平，或患者恢复期抗体效价较急性期增高4倍以上，则具有诊断意义。若O和H效价的增高不平行，0效价增高而H效价不高，可能为早期感染或者为其他沙门氏菌交叉感染，H效价增高而0效价不高，可能是预防接种或者非特异性回忆反应。
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