沙门菌是重要的肠道病原菌，在世界各地引起食源性疾病的沙门菌的血清型很多，一般以鼠伤寒、肠炎沙门菌为主。
流行病学调查分型技术：
血清分型试验：从患者粪便或肛拭、发病初期血液中获得的菌株与其它各类标 本中获得的菌株分别与沙门氏菌标准诊断血清进行血清分型试验，应属于同一血清型。
双份血清定量凝集试验：将获得的菌株作成菌液分别与患者发病初期与恢复期的血清做试管定量凝集试验，凝集价在1：40以上有诊断意义。恢复期的血清凝集价应是发病初期的4倍以上的升高。
沙门菌脉冲场电泳（PEGE）分子分型：用脉冲场电泳分子分型技术可很好地解释爆发流行菌株的来源和流向。Xbal-PFGE分型数据显示对不同来源的（牛、鸡、猪等）菌株的追踪调查具有很强的区分能力。
沙门菌扩增片断长度多态性（AFLP）分型：Peters等（2001）使用单酶AFLP技术对肠道沙门菌的14个血清型的30株菌进行分型，结果显示该技术比其他DNA分型方法快，重复性好，区分能力强。Reche等（2003）对16株哈瓦那沙门菌进行AFLP、抗生素易试验、核糖体分型和PFLP、抗生素易感试验、核糖体分型和PFGE分型比较结果，所有与疾病爆发有关的菌株有相同的核糖体型、脉冲型和AFLP型，证实AFLP是很有效的流行病学分析技术。
除上述分型技术外，沙门菌分型还包括的限制片断长度多态性（RFLP）分型、随机扩增多态DNA（RAPD）分型和核糖体分型技术等。
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