在自然界中，存在着各种能分解相应污染物的微生物类型。例如，已知的能分解氰的微生物就有Nocardia（诺卡氏菌属）、Fusariumsolani（腐皮镰孢霉）、Trichodermalignorum（木素木霉）和Pseudomonas（假单胞菌属）等14个属的49个种。它们能产生氰水解酶，把氰中的C、N分别水解成CO2和NH3的形式释放，Fusarium还能利用氰作为其碳源与氮源营养物。Nocardiacorallina（珊瑚诺卡氏菌）经诱导后能产生丙烯腈水解酶系，使丙烯腈水解成丙烯酰胺和氨，然后继续水解形成丙烯酸，最后放出CO2和水。其降解能力很强，1g菌体在25分钟时间内可消除250mg丙烯腈，已用于生物滤塔中的生物膜上。多氯联苯（PCB）是一种很难分解的大分子毒物，容易通过食物链而富集。只有少数微生物如Rhodotorula（红酵母属）、Pseudomonas（假单胞菌属）和Achromobacter（无色杆菌属）才可使多氯联苯在脱氯和开环后，形成苯甲酸和苯丙酮酸。一些多环芳烃类致癌物质如蒽和菲等，也可通过Alcaligenes（产碱杆菌属）、Pseudomonas、Corynebacterium（棒杆菌属）和Nocardia等属中的一些菌种所降解。在国防工厂生产三硝基甲苯（TNT）和黑索金（RDX）两种烈性硝基炸药过程中，常有此类极难降解的污染物流出，对植物危害极大。目前我国已筛选到降解TNT的Citrobacter（柠檬酸杆菌属）、Enterobacter（肠杆菌属）、Klebsiella（克雷伯氏菌属）、Escherichia（埃希氏菌属）和Pseudomonas等属的若干菌种；降解RDX的有Corynebacterium等。它们可在24小时内去除100mg／L的TNT或在3天内去除40～70mg／L的RDX。一些高分子化合物也是严重污染环境的化合物，其中的芳香族磺酸盐可被Pseudomonasputida（恶臭假单胞菌）所降解；1-苯基-十一烷磺酸盐（ABS）可被Bacillus（芽孢杆菌属）的菌种所降解；常用作浆料、粘合剂和胶片的聚乙烯醇（PVA）是一类很难被一般的活性污泥中微生物所分解的高聚物。目前已培育出一种PseudomonasSP．0-3，能利用PVA作碳源，在7天内降解500mgPVA／L。据知该菌含有两种酶，分别用以切断长链PVA和使之氧化成H2O2

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