江河、湖、海、池塘及下水道的水中都有很多微生物，甚至温泉中也有耐高温的微生物。水域中的微生物来自土壤、空气、动物排泄物、动植物尸体、工厂和生活废水等。水中的微生物种类繁多，海水中的微生物—般具有嗜盐特性，且主要为细菌，海鱼体表常有无色杆菌属、黄杆菌属及假单孢菌属的细菌存在，常引起鱼体腐败，海水中有些细菌是鱼类的病原菌，有些则能引起人类食物中毒，如副溶血性弧菌。

     江河、湖泊、池塘等淡水中的微生物大部分来自土壤和生活污水，其中包括有人畜肠道的正常寄生菌，如大肠杆菌、粪链球菌、魏氏杆菌和许多其他腐生菌，如变形杆菌、厌氧性梭状芽孢杆菌等，以及霍乱、伤寒、痢疾等肠道致病菌。

     水是传染病的重要传播途径之—，特别是肠道传染病。通过水传播的病原体包括细菌、病毒、霉菌、螺旋体、原虫、蠕虫等，这些病原体多从人或动物的粪便排出。通过污水的排放，粪便下河、土壤经雨水冲洗等直接或间接地污染各种水源。水中的营养条件和其它条件不适于病原菌的发育，大部分病原菌在自然水中只可存活—段时间。

     水中微生物的种类和数量与水域中有机质的含量有直接关系，例如江、河、湖、溪中的微生物数量能因河水泛滥、多雨季节发生剧烈变化，主要是由于陆地上的表土和污物被冲流到这些水域中所致。

     由于食品生产加工、地板、器具的洗刷都需要大量的水，因此水的卫生质量，即水中含有微生物种类和数量与食品污染有直接关系。

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