要完全清除食品中微生物引起的人、畜疾患和食物中毒，以及防止食品在贮运中由微生物引起的变质，仅从微生物学的角度来看是完全可以做得到的。例如，利用高温长时间的灭菌就可以使食品中的微生物全部杀灭。然而这样的无菌食品就难于符合人们对食品“希望既能不失去或尽可能少失去原有的食品的营养价值，并能保持食品原有的或应有的色、香、味和好的组织性状”这—要求，故在清除食品中的微生物时，还必须考虑到食品的营养成分和感官性状有无影响的问题。无论什么食品，必须在保证无病原微生物和其它毒害物的前提下，再尽量考虑到人们所希望的、对食品的其它—些要求。虽然少量非病原微生物随食品进入人体后，并不会对人体有什么危害，可是在—定条件下，存在于食品中的少量非病原微生物很容易引起食品腐败变质，不利于保存。若食品中含有大量的杂菌，不仅是难于保存，而—旦被人摄食了此种食物后，往往会引起食物中毒。从食品卫生角度看，食品中含有大量杂菌，是由于遭到严重污染的结果，也就是食品不卫生的标志。同时，含有大量杂菌的食品，也必然会影响到食品消毒、灭菌的效果。综上所述，要控制或捧除微生物对食品的污染，必须做好以下几个方面的工作。
1．控制原料污染 食品原料在栽培、捕捞、屠宰、运输等过程中都有可能被微生物污染，造成原材料的腐败变质，造成加工工艺、消毒灭菌的困难，影响产品的卫生质量。因此，首先要注意原材料的选择与处理，减少微生物的来源。被选用的食品材料应是无病和无寄生虫的物料，同时，应及时洗涤，清洗泥沙、杂质、腐烂变质部分及表面附着的部分微生物，食品生产的水源、用水必须符合国家饮用水的卫生标准；而人口密集和工矿业发达区、医院附近等的水域中，微生物的种类和数量都很多，均必须严格地经过人工净化和消毒处理，而且使用方法也必须得当。
2．加强环境卫生管理 食品工厂应建在远离重工业区，周围不应有农药厂、化肥工厂、垃圾场、粪场、污水坑及大医院等。以免受到废水、废气、废渣和病原微生物及其它污染物的污染，对食品加工厂本身的污染物也必须进行无害化处理。垃圾和粪便可制成堆肥，通过微生物的发酵作用，产生高温而杀灭病原微生物和寄生虫卵蛹等。生活污水或工业污水应集中通过污水净化设备进行处理，可用化学或生物的方法净化，分解污水中的有机毒物，杀灭病原微生物。
3．抓好食品生产的卫生管理 首先是食品生产的场所，应符合卫生要求，易于清洗消毒，空间可采用空气过滤器，造成洁净的生产环境。第二，保持生产车间四周墙壁、天花板和地面等六面清洁。生产设备应该经常清洗消毒，以减少微生物孳生的场所。第三，严格执行各项生产卫生制度。生产中应注意简化工艺，缩短生产流程，做到生产自动化、密闭化和连续化，尽量减少食品在空间暴露的时间，做到不接触或少接触人手和其他未经消毒的物品，这是降低微生物污染食品，提高食品质量的有效措施。第四，加强用水的管理和处理。第五，食品从业人员必须身体健康，并经常对从业人员进行有针对性的体检，以便及时排除患者及病原菌携带者对消费者健康的威胁。从业人员应勤理发、剪指甲、洗手、洗澡，保持个人卫生；工作衣帽、口罩等要经常清洗，保持清洁，特别是操作前双手的清洗和消毒更为重要．
4．加强食品贮运、销售等过程中的卫生管理 食品在制造过程中，只要认真贯彻卫生管理的有关规定，杜绝微生物污染，生产出符合卫生质量的标准的食品是不太困难的。但食品在储运、销售等环节中，如何保证食品不受或不受微生物的污染，显得非常重要。
首先是注意贮存卫生，杜绝微生物对食品的污染，控制微生物生长发育的各种因素，防止微生物在食品中大量繁殖、引起食品变质。其次是注意食品运输卫生，主要是防止再次污染；故必须专车运输，特别是直接供食用的熟食制品，更应有高度清洁的消毒专用车；肉、鱼、蛋等易腐食品应在具有冷冻设备的条件下运输，以防腐败变质；食品运输时要注意生、熟分装，食品与非食品分装，严格禁止食品与化肥、农药等有毒物质同车装运，防止微生物及有毒物质或异味、异气物质污染食品。再次是必须重视食品的销售卫生，食品在销售环节中被污染的机会甚多,其卫生质量不易得到保证；这—方面是从业人员不遵守卫生制度，不讲究个人卫生所造成，特别是手的清洁更为重要；从业人员在销售食品时，除应注意穿戴好工作衣帽外，还要洗净双手，推行工具售货，避免用手直接接触食品；另—方面是食品滞销积压、储存包装不良，造成食品受外界环境的微生物污染。
5．抓好食品企业自身的卫生管理 各食品企业必须有本企业的食品卫生管理与检验机构，以保证食品卫生管理与检验工作。企业对本单位食品的卫生质量控制首先是规定有科学根据的生产工艺，保留工艺记录，把每个工段必须完成的卫生措施用表格固定下来，每班填写，卫生管理人员随时抽查，把这项工作做为生产工段的任务。利用检验手段进行监测，对卫生质量控制最有效。—般应对成品逐批检验、较先进的方式则是对生产工艺也利用检验手段进行因素分析。不仅检测成品，还要经常对工具、工人的手、半成品进行微生物学检验。从检验结果中分析出影响食品卫生质量并进—步提高的因素，再反馈到工艺规程中加以改进，如此循环反馈不断提高本企业的食品卫生质量。生产卫生质量有了保证，便能更有利于提高食品的生产力，也可以为发展食品资源，扩大企业食品的花色品种和制定新的卫生标准，提供参考资料。
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