细菌的新陈代谢都是在各种不同酶的催化下进行的，由于不同细菌的酶系统不同，其对营养物质的分解能力亦有差异，代谢产物亦不相同。故可利用生化反应的方法，测定细菌的各种代谢产物，借以区别和鉴定细菌。
一、单糖发酵试验
不同细菌具有发酵不同糖类的酶，因而分解糖类的能力各不相同。有的能分解某些糖产酸，有的则既能产酸又能产气,有的则不能分解,据此可以鉴别细菌。常用的糖（醇）有葡萄糖、乳糖、麦芽糖、甘露醇、蔗糖等。
【材料】
1、菌种：大肠杆菌、伤寒杆菌18－24小时琼脂斜面培养物。
2、培养基：乳糖、葡萄糖液体发酵管。
【方法】
1、将大肠杆菌、伤寒杆菌分别以穿刺法接种于乳糖及葡萄糖发酵管中，经37℃孵育18－24小时后观察结果。 2、如细菌生长，则培养基变混浊；糖是否被分解，根据以下现象判定：
（1）指示剂仍为紫色不变，表示细菌不分解该糖，用“－”表示；
（2）指示剂由紫变黄，无气体产生，表示细菌分解该糖，产酸不产气，用“+”表示；
（3）指示剂由紫变黄，并有气体产生，表示细菌分解该糖，产酸又产气，用“⊕”表示。
注：液体单糖发酵管是在无糖肉汤或蛋白胨水中加入1％糖类，指示剂常用溴甲酚紫，pH感应界为5.6-6.6，色调由黄→紫。
【结果】 葡萄糖 乳糖
大肠杆菌 ⊕ ⊕
伤寒杆菌 ＋ －
二、吲哚（靛基质）试验
某些细菌具有色氨酸酶，能分解蛋白胨中的色氨酸而生成吲哚（靛基质）。吲哚本身无色，不能直接观察，如与吲哚试剂中的对二甲基氨基苯甲醛作用，形成红色的玫瑰吲哚，即为吲哚试验阳性。本试验常用于鉴别某些肠道杆菌。
【材料】
1、菌种：大肠杆菌、产气杆菌琼脂斜面18－24小时培养物。
2、培养基：蛋白胨水培养基。
3、吲哚试剂。
【方法】
1、分别接种大肠杆菌、产气杆菌于2支蛋白胨水培养基中。
2、37℃孵育24－48小时后取出，沿管壁加入2－3滴吲哚试剂于液面上，振摇试管使试剂与培养液混合，然后静置数分种，观看是否变色。阳性者可见上层试剂呈玫瑰红色，仍呈黄色者为阴性。
【结果】 大肠杆菌 +， 产生杆菌 -
三、硫化氢试验：
某些细菌能分解培养基中的含硫氨基酸（如胱氨酸、半胱氨酸）生成H2So 产生的H２S遇培养基中的铅或铁离子，则形成黑褐色的硫化铅或硫化铁沉淀，黑褐色沉淀物越多，表示生成的H２S量越多，因此可间接地检测细菌是否产生H_２S。
【材料】
1、菌种：大肠杆菌、变形杆菌18－24小时斜面培养物。
2、培养基：醋酸铅培养基。
【方法】
1、分别穿刺接种大肠杆菌、变形杆菌于2支醋酸铅培养基内。
2、37℃孵育24小时后观察，穿刺部位呈黑褐色者为阳性，不变颜色者为阴性。
【结果】大肠杆菌 -，变形杆菌 +
四、尿素酶试验
某些细菌如变形杆菌具有尿素酶，因此，在含有尿素的培养基中，能分解尿素产生氨，使培养基变碱，此时培养基中的酚红指示剂显红色，借此可鉴别细菌。
【材料】
1、菌种：大肠杆菌、变形杆菌的18～24小时斜面培养物。
2、培养基：尿素培养基。
【方法】
1、分别将大肠杆菌、变形杆菌接种于两支尿素培养基上。
2、37℃孵育24小时观察结果，尿素培养基变红色者为阳性，颜色不变为阴性。
【结果】大肠杆菌 -，变形杆菌 +
五、细菌色素的产生：
【材料】普通琼脂平板，绿脓杆菌，金黄色葡萄球菌
【方法】将绿脓杆菌，金黄色葡萄球菌分别接种于普通琼脂平板上，经37℃24小时孵育后，观察结果。
注意菌落颜色及周围培养基的颜色。

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