（一）、粪便污染指示菌
人畜粪便中携带有大量致病性微生物。如果将这类污染物排人水体，就可能引起各种肠道疾病和某些传染病的暴发流行。因此，对水体的粪便污染状况进行监测具有重要意义。
直接检测各种病原菌十分烦琐和耗时耗费。此外，由于水中的致病菌少，直接检测也很困难，即使检测结果阴性，也不能保证水中不含致病微生物。 因此，在水质卫生学检查中，通常采用易检出的肠道细菌作为指示菌，取代对病原菌的直接检测。若水样中检出这类指示菌，即认为水体曾受粪便污染，有可能存在致病菌。检测到的指示菌越多，污染越严重。
肠道细菌中的大肠菌群是普遍采用的粪便指示菌。在水质卫生学检查的结果中，常用“大肠菌群指数”和“大肠菌群值”作指标。大肠菌群指数是指每 L 水中所含的大肠菌群细菌的个数。大肠菌群值则是指检出一个大肠菌群细菌的最少水样量（ ml 数）。两者间的关系可表示为：
大肠菌群值 =1000 ／大肠菌群指数
我国饮用水的质量标准规定，大肠菌群指数不得大于 3 ，大肠菌群值不得小于 333ml 。
（二）、有机污染指示菌
自然水体中的腐生细菌数与有机物浓度成正比。因此，测得腐生细菌数或腐生细菌数与细菌总数的比值，即可推断水体的有机污染状况。研究证明，这种推断与实测结果十分吻合。根据水体中腐生细菌的数量，可以将水体划分为多污带、中污带和寡污带。按照腐生细菌数与细菌总数的比值，则可以把水体分为 α - 腐生带、 β - 腐生带和多 - 腐生带
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