许多细菌和真菌可以产生毒素。细菌毒素有葡萄球菌毒素、链球菌外毒素、肺炎链球菌毒素、肉毒毒素、霍乱弧菌毒素、志贺氏菌毒素、大肠杆菌毒素、白喉杆菌毒素、炭疽杆菌毒素、梭菌毒素、蓝细菌毒素等等。真菌毒素有黄曲霉毒素、棕曲霉毒素、麦角、杂色曲霉素、烟曲霉震颤素、玉米赤霉烯酮、交链孢毒素、毒蘑菇毒素等等。根据微生物毒素的化学成分，可分为蛋白质类毒素、多肽类毒素、糖蛋白类毒素和生物碱类毒素。根据毒素的作用机理，有溶细解毒素、抑制蛋白质合成毒素、神经毒素、作用于离子通道的毒素、作用于突触的毒素、凝血和抗凝血的毒素，等。根据导致的疾病可分，引起光敏和过敏反应的毒素、引起精神和神经系统病变的毒素、引起胃肠道和肝脏病变的毒素、致畸致癌的毒素和引起呼吸系统病变的毒素。人类和动物一旦误食这些微生物毒素，轻则引起各种疾病，重则引起致畸致癌甚至死亡，有的可在极短时间内致人死亡，难以抢救。

然而，正如任何事物都有两面性一样，这些微生物毒素同样是人类的重要医药宝库，尤其是寻找新药的资源库。这些毒素：（ 1 ）可直接用作药物，如肉毒毒素可用于治疗重症肌无力和功能性失明的眼睑及内斜视。利用白喉毒素的 A 链与多种癌症细胞抗体连接研制出导向抗癌药物。（ 2 ）以微生物毒素为模板，改造和设计抗病抗癌和治疗新药。（ 3 ）作为外毒素菌苗使用，大多数外毒素是蛋白质，注射进人体和动物体后能产生相应的抗体，这些抗体可与毒素有效的结合，干扰毒素与其靶细胞的结合，抑制其转运，如肉毒毒素、白喉类毒素、炭疽毒素、金黄色葡萄球菌毒素、 破伤风毒素， 等。（ 4 ）作为超抗原（ SAg ）使用，许多微生物毒素本身就是超抗原，是多克隆有丝分裂原，激活淋巴细胞增殖的能力远比植物凝集素高 10~100 倍，具有刺激频率高等特点，可用于治疗自身免疫性疾病。（ 5 ）从毒蘑菇毒素中寻找抗癌新药。毒蘑菇广泛生长于自然界，每年由于误食而死亡的人数相当多。但毒蘑菇毒素已显示出抗癌和延缓癌变进程的良好前景。

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