1994 年，《伯杰氏细菌学鉴定手册》第九版出版。该手册根据表型特征把细菌分为四个类别， 35 群。“手册''第九版与过去的版本相比较，具有以下特点：① 该书的目的只是为了鉴别那些已被描述和培养的细菌，并不把系统分类和鉴定信息结合起来；② 其内容的编排严格按照表型特征，所选择的排列是实用的，为了有利于细菌的鉴定，并不试图提供一个自然分类系统；③ 手册抽取了《伯杰氏系统细菌学手册》四卷的表型信息，并包括了尽可能多的新的分类单元，其有效发表的截止日期是 1991 年 1 月。

在 1984 ～ 1989 年间，“手册”的出版者出版了《伯杰氏系统细菌学手册》 (Bergey , s Manual of Systematic Bacteriology ，简称“系统分类学手册” ) 。该手册与《伯杰氏细菌学鉴定手册》有很大不同，首先是在各级分类单元中广泛采用细胞化学分析、数值分类方法和核酸技术，尤其是 16S rRNA 寡核苷酸序列分析技术，以阐明细菌的亲缘关系，并对第八版手册的分类作了必要的调整。例如，“系统细菌学手册”根据细胞化学、比较细胞学和 16S rRNA 寡核苷酸序列分析的研究结果，将原核生物界分为四个门。由于这个手册的内容包括了较多的细菌系统分类资料，定名《伯杰氏系统细菌学手册》，反映了细菌分类从人为的分类体系向自然的分类体系所发生的变化。为使发表的材料及时反映新进展，并考虑使用者的方便，该手册分四卷出版。第一卷 (1984 年 ) 内容为一般、医学或工业的革兰氏阴性细菌。第二卷 (1986 年 ) 为放线菌以外的革兰氏阳性细菌。第三卷 (1989 年 ) 为古细菌和其他的革兰氏阴性细菌。第四卷 (1989 年 ) 为放线菌。 2000 年， Bergey , s Manual of Systematic Bacteriology 第二版编辑完成并分成 5 卷陆续出版。在此第二版中，细菌域分为 16 门， 26 组， 27 纲， 62 目， 163 科， 814 属，收集了 4 727 个种。古菌域分为 2 门， 5 组， 8 纲， 11 目， 17 科， 63 属，收集了 208 个种。供收集进原核微生物 4 935 个种。

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