沙门菌病在许多国家都是主要的问题。沙门菌病属细菌引起，症状有发热、头痛、恶心、呕吐、腹痛和腹泻。引起沙门菌病爆发的食物有鸡蛋、家禽和其他肉类、生牛奶和巧克力。
弧菌病广泛传播。它是由某些弧状菌属细菌引起的，在某些国家其发病例数超过了沙门菌病。引起这种食源性疾病的食物主要有生牛奶、生的或没有完全加工成熟的禽肉和饮水。弧菌病严重的健康影响包括剧烈的腹痛、发热和腹泻。发病者中2到10成会导致慢性健康问题，如反应性关节炎（reactive arthritis）各神经系统异常疾病。
由肠出血型大肠杆菌（引起肠出血）如O157和利斯特菌引起的食源性传染病，是过去几十年中爆发的重要食源性疾病。虽然这些传染病的影响范围相对较窄，但是这些病是严重的，有时甚至是致命的，特别是对婴幼儿和老年人，使他们牌最严重的食源性传染病的威胁中。
致病大肠杆菌如O157可产生强烈的Vero细胞毒素，在大肠引起肠出血性传染病，导致血样腹泻，或可产生危及生命的如肾脏损伤等并发症。大肠杆菌O157发作主要与牛肉、抱子甘蓝、莴苣和果汁有关。
利斯特菌病是由利斯特菌属细菌引起的，残废率高达30%.最觉的后果是导致脑膜炎和流产，或是胎儿或新生儿脑膜炎。许多类食物食物都可引起利斯特菌感染。经常是长期冷冻的食物使其爆发。
霍乱是发展中国家一个重要的公共卫生问题，其可造成巨大的经济损失。这种疾病是由霍乱弧菌引起的，水和污染的食物是感染的载体。许多食物包括大米、蔬菜、粟米粥和各种海产品都可造成霍乱的爆发。症状有腹痛、呕吐和大量的水样腹泻，如果不补充盐水，可导致严重脱水和死亡。
其它食品安全问题：一些主要的例子是：天然毒素中毒，像真菌毒素、海洋生物毒素、产氰配糖和有毒蘑菇的中毒，经常引起严重的中毒事件。真菌毒素像黄曲霉毒素、棕曲霉毒素A在许多主食中都可检出；长期暴露于这种毒素对人体健康的影响还没有被很好地理解。
非常规病原体 这种病原体引起牛海绵状脑病（BSE，也叫疯牛病），与人类的克-雅病有关。食用含牛脑组织的产品最有可能把这种病传给人体。
持久性有机污染（POPs）这种化合物在环境和人体内累积。已各的例子是二恶英和PCBs（多氯联苯）。二恶英是某些工业加工过程和垃圾焚烧中产生的多余的副产物。暴露于POPs对人体健康有许多不利的影响。
金属：像铅和汞可引起婴幼儿神经系统损伤。医学`教育网搜集整理暴露于镉也可导致肾脏的损伤，常见于老年人。这些金属物质（包括POPs）可通过污染的空气、水和土壤污染食物。
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