伯杰氏分类系统是世界上公认的原核生物分类系统 ，该系统1994年已出至第九版。
伯杰氏细菌学鉴定手册第九版将原核微生物分为35个群，将所有的原核微生物分为四大类 (或四个门)
第一类 具细胞壁的革蓝氏阴性真细菌
第二类 具细胞壁的革蓝氏阳性真细菌
第三类 无细胞壁的真细菌
第四类 古细菌
35个群如下：
第一群 螺旋体
第二群 好氧/微好氧、运动、螺旋/弧形革蓝氏阴性细菌
第三群 不运动(或很少运动)的革蓝氏阴性弯曲细菌
第四群 革蓝氏阴性、好氧/微好氧杆菌和球菌
第五群 兼性厌氧的革蓝氏阴性杆菌
第六群 革蓝氏阴性、厌氧、直的、弯曲的和螺旋形的细菌
第七群 异化硫酸盐或还原硫的细菌
第八群 厌氧、革蓝负反应的球菌
第九群 立克次氏体和衣原体
第十群 不产氧的光能营养细菌
第十一群 产氧的光能营养细菌
第十二群 好氧的、化能自养型细菌和相关生物
第十三群 出芽和/或有附着器的细菌
第十四群 带鞘细菌
第十五群 非光合、不产子实体的细菌
第十六群 产子实体的滑动细菌:粘细菌
第十七群 革蓝氏阳性球菌
第十八群 产内生芽胞的革蓝氏阳性杆菌和球菌
第十九群 规则的、无芽胞、革蓝氏阳性杆菌
第二十群 不规则的、无芽胞革蓝氏阳性杆菌
第二十一群 分枝杆菌
第二十二群 诺卡氏型放线菌
第二十三群 多腔孢囊放线菌
第二十四群 游动放线菌
第二十五群 链霉菌及相关属
第二十六群 马杜拉放线菌
第二十七群 高温单孢菌及相关属
第二十八群 高温放线菌
第二十九群 其它属
第三十群 枝原体(或柔膜菌纲):无细胞壁菌
第三十一群 产甲烷细菌
第三十二群 古生还原硫酸盐细菌
第三十三群 极端嗜盐、好氧的古细菌(盐细菌)
第三十四群 无细胞壁的古细菌
第三十五群 极端嗜热和超嗜热代谢元素硫的细菌
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