病毒与宿主细胞相互作用的结果可引致宿主的临床和病理变化。病毒对动物的致病机理包括：病毒如何侵入宿主防御系统和宿主如何反侵入；病毒感染如何对宿主组织、器官和整体造成损伤以及宿主如何补偿；病毒感染如何对免疫系统造成损伤以及宿主如何补偿。了解病毒动物个体的致病机理是理解动物群体乃至生态系统中病毒致病本质的基础。
一、病毒感染对宿主组织和器官的损伤
病毒致病的严重程度并不与该病毒引起组织细胞的病变程度直接相关，有的病毒能引起组织细胞病变，但不产生临床症状，而有的病毒能引起动物的致死性疾病，但却不产生病变。病毒所致组织细胞损伤是否产生临床疾病因器官而异，也就是因器官的重要性而异。
（一）、对宿主组织和器官的直接损伤
某些杀细胞性病毒对细胞的直接损伤引致机体的临床症状和病理变化，但病毒种类不同其组织细胞嗜性不同，引起何种组织器官的何种细胞损伤是病毒的特征。
1. 对呼吸道上皮的损伤：呼吸道病毒最初入侵并损伤上皮细胞，逐步损坏呼吸道黏膜的保护层，暴露出越来越多的上皮细胞。病毒感染早期，呼吸道纤毛摆动实际上有助于子代病毒沿呼吸道扩散。感染后期当上皮细胞损坏时，纤毛停止摆动。
2. 对消化道上皮的损伤：病毒的消化道感染多数潜伏期短，没有任何前驱症状。感染消化道的病毒较多，但其感染机制可有所不同。病毒感染常发生在小肠近端，并逐步向空肠和回肠或结肠扩散。扩展的程度与病毒的摄入量和毒力以及宿主的免疫状况有关。随着感染的发展，肠绒毛的吸收细胞被不成熟的立方上皮细胞代替，后者的吸收能力和酶活性虽大为下降，但抵抗病毒感染。病毒感染引致畜禽腹泻若不因脱水而死，这种病毒感染常常是自限性的(self-limiting)，机体能很快康复，尤其是仅侵染肠腺的感染。
（二）、无组织器官损伤时所致的病理变化
某些病毒感染不引起明显的损伤，感染细胞仍处于低效能地执行正常细胞功能，但丧失了系统自身平衡必需的特定功能。如淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒感染的小鼠，由于分泌细胞受病毒感染而使体内生长激素和甲状腺激素低于正常水平，导致感染鼠的侏儒综合征。
（三）、易致细胞继发感染的组织和器官损伤
某些病毒感染除造成直接损伤外，还易使动物发生继发感染。如副流感病毒3型或其他呼吸道病毒感染奶牛时，损伤纤毛上皮，引起体液渗出到呼吸道中，使曼氏杆菌(即溶血巴氏杆菌)和其他细菌侵入肺，引发继发细菌性肺炎。
二、病毒的持续性感染
急性自限性病毒感染是指动物机体很快能够康复，除多数腹泻和呼吸道病毒感染外，多数病毒感染都有程度不等的慢性症状。病毒的持续性感染在急性症状转轻或转化为亚临床后，还可引起轻微的慢性疾病。
（一）、持续性感染的类型
持续性感染可以再次激活，引起宿主的疾病复发，并能引致免疫病理疾病，还与肿瘤的形成有关。病毒能在经免疫的动物体内以持续性感染的方式存活，成为传染源，具有流行病学上的重要性。
持续性感染主要依据持续性感染期间病毒复制的程度和连续性，其次考虑病毒排放和疾病是否发生，可分为以下4种类型。但某些病毒的持续性感染同时拥有多种类型。
1. 持续性感染(persistent infections)：不论是否发病，感染性病毒终生存在和排放。可能很迟才发生免疫病理或肿瘤病。
2. 潜伏感染(latent infections)：又名隐性感染，除非激活，一般不能发现感染性病毒。
3. 慢性感染(slow infections)：传染性病毒经历一个很长的临床前阶段逐渐增多，最终导致缓慢的、渐进性致死疾病。如人和动物的传染性海绵样脑病。
4. 迟发性临床症状的急性感染(acute infection with late clinical manifestiations)：是指病毒持续性复制与疾病的进程无关的病毒感染。如猫全白细胞减少症病毒，胎猫已受感染，直至青年猫才表现脑综合征，在神经损伤出现时，并不能分离出病毒。
三、病毒感染对免疫系统的损伤
病毒可感染免疫系统的细胞，感染细胞的种类因病毒种类而异(见表33-1)。病毒感染免疫细胞导致免疫系统损伤，从而加重疾病，或使宿主易于再感染另一种病毒，引起双重感染(superinfections)。宿主还会因此出现获得性免疫缺陷和普遍的免疫抑制。
（一）、损伤所致的表现
1. 传染性囊病病毒感染鸡，导致法氏囊萎缩和B淋巴细胞的严重缺失，增加了宿主对沙门氏菌等细菌的易感性并发生马立克病毒等的双重感染。
2. 人免疫缺陷病毒(HIV1和HIV2)、猴免疫缺陷病毒(SIV)、牛免疫缺陷病毒(BIV)和猫免疫缺陷病毒(FIV)等分别可引起人和相应动物的获得性免疫缺陷综合征(AIDS)。这些病毒主要损伤特定的免疫细胞，但损伤免疫细胞的不同，引致免疫抑制程度也有差异。
（二）、病毒病的免疫病理学
免疫应答在疾病的致病机理中起正反两方面的作用，对机体既有保护作用也有损伤作用。某些病毒感染，如貂阿留申病毒、禽白血病病毒、马传染性贫血病毒、猫免疫缺陷病毒等诱导免疫应答的后果是致病。
（三）、分子模拟引起的自身免疫损伤
分子模拟(molecular mimicry)是指宿主细胞成分与病毒蛋白质之间存在分子结构的线性或构象同源性。如果病毒及宿主的抗原决定簇既相似又不相同，即二者的相似程度足以引起交叉反应，但差异的程度又能突破正常的免疫耐受，这样的分子模拟就会导致自身免疫病。用单克隆抗体可以验证分子模拟这一概念。
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