污染问题是组织培养过程中常见的而且也必须给予高度重视的一个问题。污染率达20％很常见，有时甚至高达50％。经分析，组织中的污染来源可分成三大类：第一类是材料带菌，第二类是接种污染，第三类是培养过程感染。材料带菌就是选用的外植体因过大等原因本身带有病菌，或继代培养的材料本身带有病菌。针对这种情况，要求初代接种时使用大小适宜的外植体，在继代的培养中，每次继代之前都要对继代的材料进行仔细检查，凡是污染的材料应予以丢弃。接种污染是由于在接种过程中将病菌传入培养材料而造成的。引起接种污染可能有三个原因：第一是由于超净工作台滤出的空气中带菌超标造成的，属于这种情况要及时修理或更换超净工作台；第二是由于交叉污染造成的，针对这种情况，要求接种者操作细心，接种用的镊子不要与酒精灯、台面等接触，一旦接触应立即进行消毒处理，同时各瓶材料接完时要对镊子进行消毒；第三种是由接种者呼吸等原因造成的，针对这一点，要求接种者在接种时应用酒精棉擦手，穿上无菌的白大衣，带上口罩和帽子。
在材料培养的过程中，如果环境中病菌多、湿度大、温度高，同样会使培养的材料污染。这就要求我们要经常进行清洁卫生，对培养空间定期进行消毒处理，及时清除污染材料，转移继代材料。
有时候高压灭菌不彻底，会造成严重污染，这点也很关键。
褐变问题
组织培养中的一大问题是初代培养中外植体易于褐变。从我们的经验和别人研究结果看可采取以下方法：①初代培养时，剥取组织块最好能够在无菌水中进行；②初代培养采用液体培养比用固体培养效果好；③在培养基中单独或复合使用防褐变物质：芸香苷50-100毫克/升、20%硫代硫酸钠溶液5毫升/升、柠檬酸0.05-0.5%、活性炭1
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