细菌、酵母菌、霉菌和病毒是食物中最主要的微生物。食品中所含的这些微生物，是原料中原本污染的微生物在经过其后一连串处理、加工、保藏等措施后仍然存活，或由于再污染而存在的。 
一般情况下若食品中污染的微生物数目多，可能保藏的期限就较短，而且污染有病原菌的机会也较高。食品中微生物污染的主要来源包括土壤、水、空气、植物与肥料、动物与饲料、人、加工设备、食品配料、其它食物及包装材料等。 

土壤中隐藏着许多自然界的微生物，不同地区、不同气候、不同肥沃度的土壤中所隐藏的微生物数目与种类有极大的不同。水是微生物广泛存在的天然环境，江、河、湖、池、井水中均有微生物存在，而水中的微生物主要来自土壤、人畜排泄物、动植物尸体等，所以食品工厂用水均须做适当的杀菌处理，以免影响食品的品质。

虽然空气并非微生物繁殖的场所，但空气中仍然存在着不同种类与数量的微生物，而这些微生物都是其它环境中的微生物进入空气的结果。如土壤飞扬而起的尘埃，人与其体表的干燥脱落物和呼吸道的排泄物等进入空气所致。 

植物本身与土壤接触，它们的表面甚至内部都可能含有微生物。至于动物如猪、牛等毛发、表皮、口腔及肠道内均有微生物存在，在屠宰过程中都可能再污染至肉品上，尽管本身健康的动物其肌肉内部是无菌的，但由于加工时所使用的设备、容器等也都可能含有微生物，特别是在使用后未做适当的清洗、杀菌时，它们所含的微生物都可能再污染到所处理或放置的食物中。