生态平衡中的正常菌群和宿主机体，只要有一方发生较大的不可逆改变，就有可能造成生态失调而导致疾病。其中由菌群因素引起的有菌群失调，由宿主因素引起的有免疫功能低下，两者都和正常菌群寄居部位的改变等有关。
　　菌群失调
　　在宿主某部位寄居的正常菌群中，细菌的种类和数量比例是比较恒定的。在治疗疾病过程中，医生往往在使用抗菌药物治疗感染性疾病过程中引发了另一种新的感染病症，其原因就是因为长期或大量应用抗菌药物后，大多数正常菌群被杀死或抑制，而原来处于劣势的少数菌群或外来的不能被抗菌药物杀死（耐药菌株）的细菌便会趁机大量繁殖，使原来的菌群种类和数量比例大大改变。这种因严重的菌群失调导致的疾病称为二重感染。引起二重感染的常见菌有金黄色葡萄球菌、白假丝酵母、艰难梭菌（Clostridium difficile）和一些革兰氏阴性杆菌。临床表现为假膜性肠炎、肺炎、鹅口疮等。若发生二重感染，除停用原来的抗菌药物外，对标本中分离培养出来的优势菌要作药敏试验，看看用甚么药物能够杀死它们，从中选用合适的。同时，也可配合使用相应的保健食品或改善肠道正常菌群的微生物制剂，来协助调整菌群的类型和数量，加快患者康复。
　　宿主免疫功能低下
　　这种平衡失调主要是因宿主的局部或全身性免疫功能下降而引起，而正常菌群的种类和数量比例并无变化。局部免疫低下的情况并不罕见。例如拔牙或实行扁挑体摘除手术后，寄居在口腔或鼻咽部的甲型链球菌可经手术伤口进入血流，如果病人有先天性心脏缺损，便往往会引起细菌性心内膜炎。在自身免疫病、器管移植、肿瘤等患者的治疗过程中，常需使用大剂量的皮质激素、抗肿瘤药物或放射治疗等，这些医疗措施会造成机体全身性免疫功能降低，从而使一些正常菌群进入血液，它们此时可以穿越原来把它们阻档在外面的粘膜屏障，造成败血症甚至死亡。
　　寄居部位改变
　　正常菌群如果从原来寄居部位转移到宿主的其它部位，就有可能引起疾病。原因是菌群进入宿主新部位，不象原寄居部位的组织细胞对这些菌已经适应，能够和平相处、平安无事。例如肠道中的大肠埃希氏菌若进入泌尿道，可引起肾盂肾炎、膀胱炎等；若因外伤或手术伤口进入腹腔、血流，可导致腹膜炎、败血症等。
　　许多人都有所谓“水土不服”的经验，新到一个地方品尝美味佳肴后大倒胃口，发生腹泻。产生这种疾病多半是由于患者到达这个新地方后，由于最初几天饮食不慎，通过饮水或其它途径使患者肠道内增加了某些新的微生物，它们与原来居住在患者肠道内的微生物的协调关系没有建立起来，某些可能致病的细菌大量繁殖，因而引发类似痢疾的症状。虽然可能发生伤寒和副伤寒，但大多数这类水土不服患者并不是由恶性致病菌造成的，而是那些在当地无害的普通细菌寄生在那些没有免疫力的新居民身上造成的。对于水土不服，其实并没有什么办法能够避免接触这些微生物，所要做的仅仅是尽量少接触它们，避免非微生物引发的肠道功能紊乱，在没有什么痛苦的情况下建立常规防御系统。具体措施就是，在初到一个地方的头几天不要饮食过量，少喝些当地的水，选择新鲜烹调的菜肴，水果要洗净等。如果能这样做，几天以后，这些旅游者便可以津津有味地大嚼当地的美食，而不必担心肠胃不适了。