鲜乳中污染的微生物有细菌、酵母和霉菌等多种类群。但最常见的而且活动占优势的微生物，主要是一些细菌。

一)能使鲜乳发酵产生乳酸的细菌

这类细菌包括乳酸杆菌和链球菌两大类，约占鲜乳内微生物总数的80％。它们可进行同型乳酸发酵，产生大量乳酸，使鲜乳均匀凝固。

1、链球菌类：较为常见和重要的有：乳酸链球菌、乳酪链球菌、粪链球菌、嗜热链球菌、液化链球菌。

2、乳酸杆菌类：较常见的和重要的有嗜酸乳杆菌、保加亚利乳杆菌、干酪乳杆菌、短乳杆菌、发酵乳杆菌。乳酸乳杆菌等。

 

二)能使鲜乳发酵产气的细菌

这类微生物能分解碳水化合物，生成乳酸及其它有机酸，并产生气体(二氧化碳和氢气)，能使牛乳凝固，产生多孔气泡，并产生异味和臭味。

1、大肠菌群，主要有大肠杆菌和产气杆菌，这类细菌除产酸产气外，还能分解蛋白质，产生异味，影响乳的质量，这说明卫生方面不合格。

2、丁酸菌类，主要有丁酸梭菌、魏氏梭菌等，使鲜乳产酸产气，其中的丁酸，气味恶臭，所产气体量很大，可使凝固的鲜乳裂成碎块，形成暴烈发酵现象。

3、丙酸细菌也能使鲜乳产酸产气，丙酸菌的发酵可使干酪形成网眼，并产生特殊的芳香风味，对干酪的品质有良好的影响。

 

三)分解鲜乳而发生胨化的细菌

这类腐败菌能分泌凝乳酶，使酪蛋白发生凝固，然后分解，使蛋白质水解胨化，变为可溶性状态。假单胞菌属：分解蛋白质能力极强，可将蛋白质形成胺和氨，并产生不良气味。液化粪链球菌、蜡样芽胞杆菌、变形杆菌等使乳产酸与蛋白质分解同时进行。产碱杆菌属、黄杆菌属、微球菌属等，能在低温条件下分解蛋白质，从而使冷藏乳腐败变质并产生苦味。

 

四)使鲜乳呈碱性的细菌

主要有粪产碱菌和粘乳产碱菌。它们分解柠檬酸盐为碳酸盐，而使鲜乳呈碱性反应。

 

五)引起鲜乳变色的细菌

深蓝色假单胞菌：产生的色素在中性或碱性乳中呈灰色，在酸性乳中呈蓝色。黄假单胞菌：产生淡黄色色素从而使乳呈黄色。粘质沙雷氏菌：在乳中纯培养可引起红乳，但通常由于其它细菌抑制该菌生长，故红乳很少见。

 

六)鲜乳中的嗜冷菌和嗜热菌

嗜冷菌：主要是一些荧光细菌、霉菌等。       

嗜热细菌：主要是芽胞杆菌属某些种和一些嗜热性球菌等。

 

七)鲜乳中的霉菌和酵母

霉菌以酸腐节卵孢霉为最常见，其它还有乳酪节卵孢霉、多主枝孢霉、灰绿青霉、黑含天霉，异念球霉、灰绿曲霉和黑曲霉等。鲜乳中常见酵母为脆壁酵母、洪氏球拟酵母、高加索乳酒球拟酵母，球拟酵母等。

 

八)鲜乳中可能存在的病原菌

1、来自乳畜的病原菌

常见的有结核分支杆菌、副结核分枝杆菌，布氏杆菌、溶血性大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、无乳链球菌等。

2、来自人为因素的病原菌

伤寒沙门氏菌、副伤寒沙门氏菌、志贺菌、霍乱弧菌、白喉杆菌、猩红热链球菌、人型结核分枝杆菌等。

3、来自饲料被霉菌污染所产生的有毒代谢产物

如乳畜长期食用含有黄曲霉毒素B1的饲料，这种毒素可转变为存在于乳中的黄曲霉毒素M1。