鲜肉中的微生物来源广泛，种类甚多，包括真菌、细菌、病毒等，可分为致病性微生物、致腐性微生物及食物中毒性微生物三大类群。
一)致腐性微生物
致腐性微生物就是在自然界里广泛存在的一类营腐物寄生的，能产生蛋白分解酶，使动植物组织发生腐败分解的微生物。包括细菌和真菌等，可引起肉品腐败变质。
1、细菌 是造成鲜肉腐败的主要微生物，常见的致腐性细菌主要包括：
革兰氏阳性产芽胞需氧菌：如蜡样芽胞杆、小芽胞杆菌、枯草杆菌等；
革兰氏阴性无芽胞细菌：如阴沟产气杆菌、大肠杆菌、奇异变性形杆菌、普通变形杆菌、绿脓假单胞杆菌、荧光假单胞菌、腐败假单胞菌等；
球菌：均为革兰氏阳性，如凝聚性细球菌、嗜冷细球菌、金黄八联球菌、金黄色葡萄球菌、粪链球菌等；
厌氧性细菌：如腐败梭状芽胞杆菌、双酶梭状芽胞杆菌、溶组织梭状芽胞杆菌、产芽胞梭状芽胞杆菌等。
2、真菌：
真菌在鲜肉肉中不仅没有细菌数量多，而且分解蛋白质的能力也较细菌弱，生长较慢，在鲜肉变质中起一定作用。经常可从肉上分离到的真菌有：交链霉、麴霉、青霉、枝孢霉、毛霉，芽孢发霉，而以毛霉及青霉为最多。
二)致病性微生物 主要见于细菌和病毒等。
1、人畜共患病的病原微生物 常见的细菌有炭疽杆菌、布氏杆菌、李氏杆菌、鼻疽杆菌、土拉杆菌、结核分枝杆菌、猪丹毒杆菌等。常见的病毒有口蹄疫病毒、狂犬病病毒、水泡性口炎病毒等。
2、只感染畜禽的病原微生物
常见的有多杀性巴氏杆菌、坏死杆菌、猪瘟病毒、兔病毒性出血症病毒、鸡新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、鸡传染性法氏囊病毒、鸡马立克氏病毒、鸭瘟病毒等。
三)中毒性微生物
有些致病性微生物或条件致病性微生物，可通过污染食品或细菌污染后产生大量毒素，从而引起以急性过程为主要特征的食物中毒。
1、常见的致病性细菌 有沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌等；
2、常见的条件致病菌 变形杆菌、蜡样芽孢杆菌等。
3、毒素型中毒菌 蜡样芽胞杆菌、肉毒梭菌，魏氏梭菌等。
4、常见的致食物中毒性微生物 链球菌，空肠弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌等。
5、一些真菌 麦角菌、赤霉、黄曲霉、黄绿青霉、毛青霉，冰岛青霉等。
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