医院感染的流行病学调查包括医院感染的监测和医院感染的爆发的调查。其应用的方法与其他疾病调查一样，不外乎描述、分析和实验法等。

　　1.医院感染的监测　其目的为早期医院感染者。其方法是利用监测资料，分类整理，对医院感染发生的情况加以描述，如按地点、时间、人群等分布特点描述，往往可以指明医院感染常发生在哪种病房，在什么季节发生，何种病人易感等。感染部位和病原菌可能帮助判断传播途径及传染来源。例如一个医院发生大批泌尿道感染，指明可能过多使用导尿管和操作不正规所致。不过描述流行病学方法，只能提供病因线索，是否为医院感染的原因，还需要用分析流行病学方法等去证实。

　　2.医院感染爆发调查其调查　在于迅速查明导致爆发的主要因素，提出针对性措施，以控制流行蔓延或爆发再度发生。在我国医院感染爆发并不少见，如沙门菌病、腹泻、病毒性肝炎及婴幼儿急性呼吸道感染等仍不时在医院内发生。近年来，不少医院的婴儿室及儿科病房中发生鼠伤寒沙门菌肠炎流行，其罹患率高达15%～30%.有一些医院感染爆发却常常是人数不多的感染。对于一些危害性大或传播容易的医院感染即使仅发生1～2例，也应列为调查重点，例如多重耐药菌株（如methicillin resistant staphlococcus aureus，MRSA）或对新抗生素出现抗性的菌株的感染及一些过去曾造成严重感染的流行株的再度出现（A组溶血性链球菌感染）等应组织力量，尽快查清。

　　很多条件致病菌引起感染，其传播机制不少仍未被认识，医院内的流行因素也处于不断变化之中，如新的诊断器械的使用，也可能带来某种尚未被认识的危险因素。因此，医院感染爆发或流行的调查，一定要深入现场，善于发现新问题，对调查所提供病因线索，应进一步进行专题调查研究。如某医院在一相当长的时间内，住院的恶性肿瘤病人发生猪霍乱沙门菌腹泻感染。将这些病人的病历与无猪霍乱沙门菌感染的肿瘤病人的病历比较，发现大多数医院感染病人均受过输入血小板治疗，而无医院感染的肿瘤病人则未接受过此种治疗。调查又发现受医院感染者都至少有一次接受同一位供血者的血，深入调查发现，这位供血者患有无症状的猪霍乱沙门菌骨髓炎。