有性世代不明的真菌。在真菌生活史中，可以看到有性繁殖时期和只进行无性繁殖时期。进行有性繁殖的为完全型，此期为有性世代；只进行无性繁殖的为不完全型，此期为无性世代。许多未知有性世代的半知菌类进行无性繁殖产生营养孢子，有少数只有菌丝，而不能形成孢子。一些半知菌，根据其菌丝和营养孢子的特征，有的也可以归入壶菌、接合菌、担子菌等类群中。将半知菌归纳起来，几乎全部可归属于子囊菌类。对于归属于半知菌类的一些种，其具有有性繁殖器官的，多被放在子囊菌的适当类群中。但也有很少数已明确是属于担子菌的。例如，已知一种光出芽的不完全型酵母菌，曾认为与红酵母属（Rhodotor－ula）同类，但与远距离地方的种进行杂交后，发现有担子体的形成，因而把它划归为黑穗病菌同类的红冬孢酵母属（Rhodosporidium）。根据G．C．Ainsworth和G．R．Bisby（1971）的统计，半知菌类有1825属，约1万5千种，如果把已记载过的全包括在内，则可达3万种。对这类真菌现在是以形态学特征和分生孢子形成过程为基础，来进行人为分类的。

 

 

半知菌是在子囊菌・担子菌的同伴之中，还未发现有性繁殖阶段而在分类学上位置不明的一种临时分类。只进行无性繁殖的菌类被称作不完全型，这一阶段被称为无性阶段。进行有性繁殖的被称为完全型，该阶段被称作有性阶段，通常有性阶段的菌类也是同时进行无性生殖的。日常生活中常见的霉菌大部分都处于无性阶段，其中包含半知菌的比率非常高。

此外，一些无性阶段很发达，有性阶段已发现但不常见的子囊菌和担子菌，习惯上也归在半知菌中。

半知菌的分类有两大分类系统。

半知菌的传统分类是采用萨卡度(Saccardo)的分类系统。

按照真菌传统的三纲一类分类法（即藻菌纲、子囊菌纲、担子菌纲和半知菌类），半知菌都归入半知菌类，并根据子实体或孢子果的形态分为以下4个目：

安斯沃斯[Ainsworth（1973)]现代分类系统是真菌界比较公认的真菌分类系统。该系统建立在萨卡度传统分类系统的基础上，虽然也以形态学为基础，但更加注重真菌的产孢方式。

该系统根据真菌形态和产孢方式将半知菌亚门分3个纲：

半知菌亚门 Deuteromycota

芽孢纲 Blastomycetes

隐球酵母目 Cryptococcales

掷孢酵母目 Sporobolomycetales

丝孢纲 Hyphomycetes

无孢目 Agonomycetales

无孢科 Agonomycetaceae

丝核属 Rhizoctonia

小菌核属 sclerotium

丛梗孢目 Miniliales

丛梗孢科 Moniliaceae

粉孢属 Oidium

丛梗孢属 Monilia

轮枝孢属 Verticillium

梨孢霉属 Piricaulalia

小尾孢属 Cercosporella

葡萄孢属 Botrytis

暗色孢科 Dematiaceae

黑星孢属 Fusicladium

枝孢属 Cladosporium

尾孢属 Cercospora

长蠕孢属（蠕虫孢属）] Helminthosporium -本属现在另分为以下三属

平脐蠕孢属（离蠕孢属） Bipolaris

内脐蠕孢属（德氏霉属） Drechslera

突脐辱孢属 Exserohilum

链格孢属 Alternaria

褐孢霉属 Fulvia Ciferri

束梗孢目 Stilbellales

束梗孢科 Stilbellaceae

拟棒束孢属 Isariopsis

瘤座孢目 Tuberculariales

瘤座孢科 Tuberculariaceae

赤霉属 Gibberella

赤壳属 Calonectria

丛赤壳属 Nectria

菌寄生属 Hypornyces

腔孢纲 Coelamycetes

黑盘孢目 Melanconiales

黑盘孢科 Melanconiaceae

痂圆孢属 Sphaceloma

炭疽菌属 Colletotrichum

盘二孢属 Marssonina

球壳孢目 Sphaeropsidales

茎点霉属 Phoma

大茎点霉属 Macrophoma

拟茎点霉属定Phomopsis

叶点霉属 Phyllosticta

壳囊孢属 Cytospora

色二孢属 Diplodia

壳二孢属 Ascochyta

壳针孢属 Septoria

根据国际命名法规，每一个生物的种只能有一个合法的学名。但是，一部分子囊菌和担子菌的无性阶段被归入半知菌，有性阶段又被划入子囊菌门或担子菌门中，导致同一个真菌种被交叉划分在不同的单元中，同一个种有两个学名。因此，1992年在美国俄勒冈州ニューポート召开的ホロモルフ会议决定废除半知菌亚门这一分类。然而现在许多菌类暂时还没有发现有性阶段，或者有性阶段很少见，或者人们更习惯使用无性阶段的学名时，同时使用无性阶段和有性阶段的两个学名依旧是普遍现象。

随着分子遗传学研究的深入，今后也许用不着发现菌类的有性阶段，也能够根据遗传学特征直接判断其分类归属。