对超高温杀菌有蒸煮味的物料可采用高温短时杀菌，在温度为70
由于物料粘度、PH值、热敏性、易氧化性等特殊性，使得杀菌方法和设备也各有差别。PH值大小往往决定了物料杀菌时的温度和时间，PH值的高低取决于食品中酸性物质的多少，分离程度如何等。低酸性食品PH值大于4.6，可以为致病微生物提供理想的生长条件，腐败微生物也可良好地生长，一般采用超高温瞬时杀菌；酸性食品的PH值在3.7-4.6之间，它其中的致病菌不易生长，但腐败菌可以生长，一般采用超高温瞬时杀菌或高温短时杀菌，对低酸性食品可通过加酸或发酵的方法使之转化为酸性食品，从而降低杀菌要求，提高货架寿命，此法用于处理食品中的番茄汗、乳酪等。高酸性食品的PH值小于3.7，在此酸度下致病菌无法生长，腐败菌也无法生长，因此杀菌并不是需要特别注意的问题，保持品质成为首要目的。一般采用巴氏杀菌就可满足要求，即在
物料的冷杀菌方法是指根据不同场合各种杀菌剂或紫外线杀菌、辐射杀菌、微波照射杀菌等以达到杀菌目的。利用微波杀菌的效果在酱油、啤酒、牛乳等方面已得到较好验证，只是用于大规模生产的部分技术难题尚未解决。
3 包装环境的无菌 无菌包装系统主要分为两大类系统，敞开式无菌包装系统和封闭式无菌包装系统。它们之间最大的区别是封闭式无菌包装系统比敞开式无菌包装系统多了无菌室；包装材料要在无菌室内杀菌、成形、灌装。由于无菌室一直通有无菌气体保持其正压，所以无菌室能有效防止微生物的污染，因此在生产中应用广泛。
无菌包装环境首先要确保的是设备无菌，主要杀菌方法有加热法和化学法。
对敞开式无菌包装机而言，在无菌充填之前，包装机内与产品接触的表面必须经过杀菌。其杀菌是通过包装机自身产生的无菌热空气（或无菌热蒸汽）来实现的。在杀菌过程中，无菌热空气直接接触包装机与产品接触的表面进行杀菌。
封闭式无菌包装机的杀菌只通过无菌热空气是不够的，还要保证封闭空间的无菌，即无菌室的杀菌。生产前，无菌室一般用双氧水喷雾和无菌空气的干燥来实现，无菌空气是通过包装机内的无菌空气加热器将其加热至一定温度所得到的；杀菌时，液态双氧水喷射至无菌热空气中并瞬时蒸发，这样无菌空气和双氧水气体的混合物进入无菌室进行杀菌，冷凝在内表面的双氧水通过无菌热空气进行干燥，从而完成无菌室的杀菌。
作为环境的杀菌一般采用洗涤、加热、药物和紫外线照射等措施，对与食品相接触的装置和整个容器表面进行杀菌处理，空间环境则多采用药物杀菌，整个包装系统无菌状态的维持则靠进入无菌空气并使整个系统保持一定的正压，以阻止外部空气中微生物侵入。
设备停机时微生物会繁殖，可能导致大量微生物不能充分杀死。因此设备在清洗后应尽量抽干，以便没有水或溶液残留。
4 包装封口 包装封口对无菌包装来说是最后一个环节，也是关键的一个环节，其直接影响产品的包装品质和储存期。其要求是一方面能防止微生物和气体或水蒸汽侵入，另一方面是不能让产品自身的气味和原液溢出。
多数无菌包装封口采用热封、超声波或胶片、气封，有些用折叠、项合封口，封口时注意压力应均匀分布于密封表面；封口过程的条件如封口温度、时间、压力必须有安全界限，并能控制；封口表面应避免产品或其它污物污染；封口位置必须准确，特别是热成型/灌装/封口同机进行情况下，更应防止封口位置发生偏差。
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