微生物工业有着悠久的历史，在人民生活与国民经济中发挥着越来越重要的作用。在世界各国，以美国微生物工业的规模最大、产值最高，目前大规模生产的发酵产品已有100 多种。日本的微生物工业在近几十年也取得较大发展，特别是在微生物发酵技术的某些领域（如氨基酸、核酸发酵）居领先地位。
解放后，我国微生物发酵工业发展迅速，对传统发酵产品的生产技术进行了科学的总结、革新工艺、研究新型发酵设备，不断提高产品质量。在全国范围内先后兴建了许多新型发酵企业和专业研究机构，各高等院校也先后开设了发酵工程专业，培养出大批专业工程技术人才，从事酒精、抗生素、有机酸、氨基酸、酶制剂、激素、维生素、核苷酸发酵等方面的研究与生产。我国微生物工业已经迅速发展成为一门新兴工业，但由于起步晚、基础薄弱、条件较差，与世界先进国家相比还存在一定差距。
从微生物工业发展趋势可以看出，近代微生物工业有以下几个特点：
(1）近代微生物工业已由糖分解生产简单化合物阶段转入复杂化合物的生物合成阶段，从自然发酵转为人工控制的突变型发酵、代谢控制发酵、遗传因子的人工支配发酵。这意味着新的发酵开发工艺将从过去的尝试技术阶段转移到有理论根据的科学阶段，强调发酵中研究代谢控制机理应用和微生物工程技术的重要性。
(2）近代微生物工业的发展，使越来越多的化学合成产品全部或部分转为微生物发酵生产，特别是微生物酶反应合成和化学合成相结合工程技术的创立，使发酵产物通过化学修饰及化学结构改造生产更多精细的有用物质。
(3）近代微生物工业向大型发酵罐和连续化、自动化方向发展。发酵工厂已发展成为规模庞大的现代化企业，常用20-120t 甚至用500t 的发酵罐进行自动化生产。
(4）近代微生物工业由于人工诱变育种和代谢控制的广泛应用，使微生物得到进一步开发利用，开发的新产品、新用途层出不穷。
(5）随着近代微生物工业发展规模的日益扩大，面临自然资源匮乏问题，迫切需要开辟原料新来源，利用纤维素、石油甚至空气等资源代粮发酵生产各种产品取得了成功。
(6）近几十年来基因工程取得飞速发展，出现了许多“工程菌”，发酵生产出一些临床上紧俏药品，如人胰岛素、干扰素、白介素、促红细胞生长素、肿瘤坏死因子等几十种产品，并由此建立起技术密集型的新兴生物技术产业。
最近，国外利用纤维废料作为微生物工业的主要原料逐渐引起人们的重视。随着对纤维素水解研究的深入，人们发现取之不尽的纤维素资源代粮发酵生产各种产品和能源物质具有现实意义，且用纤维废料发酵生产酒精、乙烯等能源物质已取得成功。发酵原料的改变正推动着微生物工业的迅速发展，并对解决环境污染问题具有重要意义。
微生物工业除利用纤维素、石油等资源外，长远的设想是用碳酸气、空气中的氧以及添加适量氮源、无机盐来制造微生物菌体蛋白。目前，美国、日本正从事此项研究，并在实验室取得初步成果。还有研究指出，有些细菌可以固定大气中的氮、碳酸气、空气等来生成蛋白质。这些研究对于开辟人类未来粮食新来源有重大意义。
上述发展趋势说明，微生物工业有着广阔的发展前景，是富有生命力的既古老而又年轻的工业。
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