在工业微生物发酵过程中，出现噬菌体以后必须选育抗噬菌体菌株和配合其他措施使生产继续进行。既要不断收集噬菌体，又要不断选育新的抗性菌株，以确保生产正常进行。
细菌的抗性是基因突变的结果，抗噬菌体突变可以发生在接触噬菌体以前，它和噬菌体的存在与否无关。
１、抗噬菌体菌株选育的方法
根据基因突变规律，可采用自然突变和诱发突变等方法获得。
（1）自然突变 以噬菌体为筛子，敏感菌株的孢子不经任何诱变由其自然突变为抗性菌株，这种方法获得的抗性突变频率很低。
（2）诱发突变 敏感菌株先经诱变因素处理，然后将处理过的孢子液分离在含有高浓度的噬菌体的平板培养基上，经诱变后的存活孢子中，如存在抗性变异菌株就能在此平板上生长。这种菌落生长的速度一般与正常菌落的生长速度相近，诱变可以提高抗性菌株的频率。
2、抗噬菌体菌株选育的程序
（1）专一性噬菌体获得和纯化
选育抗噬菌体菌株需要相应专一性噬菌体作为选择因子。首先要分离获得噬菌体，并且加以纯化，然后设法制备高浓度的噬菌体原液。
具体做法：在培养皿上挑取被噬菌体侵染后形成的噬菌斑，移接到含有1％蛋白胨培养液(pH7．0)中培养，然后用重层法连续多次进行分离，直至出现的噬菌斑形状、大小基本一致，说明性的噬菌体得到了纯化。
（2）高效价噬菌体原液的制备
将已纯化的噬菌体移接到已培养7—8h处于对数期的敏感菌培养液中，继续培养10h左右，此时已有较多噬菌体释放。将培养液离心，取含有噬菌体的上清液，再次移接到处于对数期的宿主菌培养液中，适温培养一定时间，待噬菌体大量释放，用细菌过滤器过滤，可以得到高效价噬菌体原液。
（3）噬菌体原液效价测定
原液浓度以效价作为指标。测定噬菌体效价的方法：用含有1％蛋白胨溶液作为稀释剂，按常规法稀释到10-7--10-8，采用重层琼脂法进行定量测定，要重复3-5个平皿。噬菌体原液效价要求达到1010--1011U/ml,保存备用。
（4）菌株诱发突变和分离
与常规诱变育种相同。用理化因子处理宿主菌，以提高抗性突变体的频率。然后把悬浮液分离在含有噬菌体的平皿上，经培养后，如果出现菌落，注意挑选些生长速度与正常菌落相差无几的菌落移接到斜面培养，这些菌落可能具有不程度的抗性。进一步复证抗噬菌体的能力。此后在噬菌体存在条件下还要通过体培养，观察菌体生长及发酵产物积累情况。
（5）液体摇瓶振荡培养
从平皿上经过初步筛选的抗性菌株，进一步在摇瓶中进行沉没培养。在一定温度下，培养到对数期(若丝状菌，孢子萌发后长成菌丝体)，加入一定量高效(1010一1011U／m1)噬菌体原液。继续培养、观察菌体消失，而后又重新再生。此时，将再生菌体移入到新的培养基中，继续培养到对数期，加入高效价噬菌体原液再培养。如此反复3—4次，然后分离在含有噬菌体的平皿上，挑取生长速度快单菌落移入斜面，并在斜面上滴加噬菌体原液，经培养后，观察滴加原液处菌苔生长情况。选取生长正常的菌苔，再进行摇瓶复筛。经观察和测定，选取生长正常酶活力或产物产量高的菌株，保存，供特性试验等。
（6）进一步考查抗性菌株对周围环境中存在的各种噬菌体的抗性
3、抗噬菌体菌株特性研究
无论从自然突变或诱发突变所得到的抗噬菌体菌株，在用于生产之前，均需经过反复验证，才能使用。
（l）抗噬菌体性状的稳定性试验
抗性菌株分别在孢子培养、种子培养和发酵培养过程中用点滴法或双层琼脂法测定噬菌斑。如都不出现噬菌斑，说明该菌株对此噬菌体具有抗性。此外，还可以观察抗性菌株经多次传代后对噬菌体的抗性是否稳定。
（2）抗性菌株的产量试验
在选育抗噬菌体菌株时，既要求具有抗性，同时亦要求生产能力不低于原敏感菌株。
（3）真抗性与溶源性的区别试验
菌株的抗噬菌体特性具有遗传的相对稳定性。抗性表现力多种多样，可因细胞壁结构的改变而阻止噬菌体吸附侵入，也可因生理代谢的改变，使噬菌体不能侵染，即使侵染后也不能增殖释放。这些菌株都具有真正的抗性。溶原性菌株则因细胞中存在原噬菌体，对同一类型噬菌体具有免疫性。表面上看来，这种菌株具有抗性，但可采用物理、化学因素诱导不同的敏感菌看它是否会释放噬菌体。出现噬菌斑的菌株就是溶源菌，而不是真正抗性菌。
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