一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp,基因间的平均间隔为118bp（基因Ⅷ）。E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

         利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型 （Phenotype），把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

       分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

 

 

1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成 3个小写斜体字母来表示。例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在 3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。如 supE44（sup基因座E的44位突变）。如果不知道几个等位基因中哪一 /几个发生了功能性突变，则用连字符“ -”代替大写字母，如 trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

5、对于携带附加体的菌株的完整基因型描述应包括附加体的状态（游离或整合）。以 F因子为例，F-:F因子缺失； F+:自主性 F因子，不携带任何遗传可识别染色体片段； F':携带有遗传可识别细菌染色体片段的自主性 F因子；Hfr:整合到染色体上的 F因子（ high frequency of recombination）。当这些质粒或噬菌体片段变异或缺失时，用（）“或 ”/“等以区别。例如：/F' [traD36、proAB、lac I q、lacZ.  M15]

6、某个基因或某个领域缺失时，在其基因型前面加上“ ”表示。例如： lac-proAB基因缺失时它的基因型表示为 （lac-proAB）。

7、由于某种基因的变异导致大肠杆菌可以明显观察到特征变化，有时也用其表现型代替基因型进行表示。例如：某些抗药性的获得或丧失，用如下方式表示： Streptomycin抗性→Str ⁺或 Str ^r，Ampicillin敏感性→ Amp^-。（第一个字母要大写 ，“+”或“r”表示有抗性 ，“-”表示无抗性或敏感）。

8、根据某些特异性蛋白的变异及其导致的结果变化进行表示。例如：TH2菌株上有一种基因型表示如下：hsdS20 （rB-、mB-），其中 S20代表特异性识别蛋白发生变异，（）中的 rB-、mB-表示由于 S20的变异而导致 B株来源的 hsdR和 hsdM的功能缺失。

9、蛋白质的名称与对应的基因或等位基因相同，但不用斜体，且首字母大写，如， UvrA、 UvrB。