接合菌亚门的真菌叫接合菌，也是真菌中比较低等的一类，这类真菌的营养体为无隔菌丝体，无性繁殖产生孢囊孢子，有性繁殖产生接合孢子，接合菌分两个纲：接合菌纲(Zygomtcetes)和毛菌纲(Trichomycetes)。与农业病害关系较大的是接合菌纲中的毛霉目(Mucorales)真菌，重要的有两个属：根霉属(Rhizopus)和毛霉属(Mucor)。

毛霉目(Mucorales)真菌大多是腐生菌，引起植物花、果实、块根和块茎的腐烂。

1. 根霉属(Rhizopus)

菌丝发达，有分枝，分布在基物表面或其内，有匍匐丝和假根。孢囊梗2-3根丛生，在假根相反方向从菌丝上产生，一般不分枝，顶生孢子囊，产生大量孢囊孢子，有囊轴，锣锤形，孢囊孢子单胞，表面有饰纹，接合孢子色深，表面有瘤状突起。
2. 毛霉属(Mucor)

无匍匐丝与假根，孢囊梗单生，直立，其它形态同根霉。

3. 笄霉属(Choanephora)

形成的大小两种类型的孢子囊，条件不适时，产生大型孢子囊，大型孢子囊产生在顶端弯曲的孢囊梗上，其内产生多数孢囊孢子，孢子顶端有数根细毛。通常形成小型孢子囊，小型孢子囊聚生在孢子囊梗顶端膨大的头状体的小梗上，其中形成一个孢子，故也称这种小型孢子囊为分生孢子。该菌为害花和果实，引起花腐和果腐。

4. 犁头霉属(Absidia)

产生匍匐丝和假根，孢囊梗自假根间的弓形匍匐丝上长出，配囊柄上长出附属丝包围接合孢子。

5. 毛霉目真菌异宗配合现象

毛霉目真菌多具异宗配合现象，即当两个不同交配型的菌株(“+”菌株和“-”菌株)相遇时，则从各自菌丝上产生称作原配子囊的分枝，两个原配子囊接触后，各自产生一个隔膜，将原配子囊分成两个细胞，顶端的细胞称作配子囊，基部的细胞称配囊柄，“+”和“-”两个配子囊接触点的细胞壁消解，融合成一个细胞，以后发育成黑色，厚壁的接合孢子。