五、RNA技术操作
1. 在MS平板上铺上已灭菌的玻璃纸,接种适量的孢子悬液,涂布均匀,30度培养适当时间,刮取菌丝体,在预冷的碾钵中加入液氮碾磨2~3次。收集粉末状菌丝体小半勺于1.5 ml的指型管中。加入250 ul的悬浮缓冲液混匀置于冰上。
2*.收集液体培养物(洗过的), 加入溶菌酶溶液(溶菌酶的终浓度为2 mg/ml,用P Buffer稀释)使终体积250 ul。 于30度水浴15 min(原生质体刚开始形成)。
3. 加入70 ul EDTA(0.25M) , 混匀。
4. 加入375 ul的裂解缓冲液充分混匀,溶液呈清亮状。
5. 加入等体积的热酚, 用手震荡混匀, 于65度水浴5 min。 (a.水饱和酚应提前于65度加热, 高温下, 酚的溶解度加大。b. RNA在碱性环境中易分解。)
6. 13,000 rpm离心5 min, 取上清。 (室温下, 酚仍有少量与水混溶, 因而上清为乳白色。)
7. 再次加入等体积的热酚, 震荡混匀, 于65度水浴5 min. 13,000 rpm离心5 min, 取上清。
8. 加入等体积酚/氯仿(1:1), 震荡混匀, 13,000 rpm离心5 min, 取上清。
9. 加入等体积的氯仿, 震荡混匀, 13,000 rpm离心5 min, 取上清。 (一定要充分震荡, 以除尽残余的酚, 否则, 酚会对后续实验造成不良影响。)
10.加入1/5体积的LiCl(10M), 两倍体积的无水乙醇, 混匀, 于-20度放置2 hr。
11.于4度, 13,000 rpm, 30 min, 有白色沉淀。
12.用80%的冰乙醇洗两次(在冰上进行),以将盐离子去除干净。
13.冷冻真空干燥。
14.溶于适当的DEPC处理过的水中,于-70度保藏。
注:1. 所有的枪头、指型管均需用DEPC(0.1%)(Takara)水处理。DEPC为油状,不溶于水,应充分搅拌,使其均匀分散。
2. 所有操作必须戴上手套,而且手套要经常换。
3. 水饱和酚: 将重蒸酚适量装于一密闭瓶中,加入酚的1/2体积的去离子水,混匀,于65℃温浴,使酚充分溶解于水。
链霉菌的RT-PCR(promega RT kit)
反转录:1. 反应体系(50 ul)
模板(去除了DNA的RNA) * ul
引物(可以只是下游引物)(50 pmol/ul) 1 ul
dNTP (10 mM) 1 ul
MgSO4 2 ul
5* buffer 10 ul
AMV 1 ul
H2O 至50 ul
2. 反应程序:
模板、引物和水混合后60(或65)度保温4 min(保证mRNA的强二级结构完全打开),取出置于冰上再加入其他成分(避免AMV高温失活)。
48℃ 45 min
95℃ 2 min
4 ℃ 5 min
产物于-20℃保藏。
反转录产物可不经纯化直接用于常规PCR扩增。
注:1. 引物设计见常规PCR扩增。但要保证引物之间不会有干扰。
2. 模板中的DNA要去除干净,做好阴性对照。(即以RNA为模板进行相同的反应。)
上一篇:链霉菌实验操作4
下一篇:链霉菌实验操作6