水疱性口炎与水疱疹、猪水疱病和口蹄疫相似。在猪，这四种病在临床症状上极为相似，很难区别。分离病毒可用病畜的水疱液或感染组织乳剂接种鸡胚或组织培养细胞。新分离的病毒用中和试验、补体结合试验和琼脂扩散试验进行鉴定。本病也可用补体结合试验检查病变组织中病毒抗原的方法进行诊断。应用血清学方法检测抗体时，应进行双份血清的测定。将病毒材料接种于马、牛、猪和舌皮内，均能引起水疱性口炎。应用舌接种途径，口蹄疫病毒只使牛和猪发生感染，水疱疹病毒和猪水疱病病毒则只使猪发病。但须指出，将水疱性口炎病毒给牛作静脉内或肌肉内注射，都不发病。豚鼠对水疱性口炎病毒和口蹄疫病毒的鉴别诊断要点，请参阅本书第十六章“口蹄疫病毒”一节。采用分子生物学诊断方法可以进一步区别四种水疱性疾病。将病料接种于8日龄鸡胚的绒毛尿囊膜上，置37℃孵育。鸡胚在1～2天(敏感者12小时)内死亡，且有明显充血和出血病变者为水疱性口炎病毒。但是必须注意，水疱性口炎病毒在初次分离时也可能不致死鸡胚，但绒毛尿囊膜常肥厚，应收获绒毛尿囊膜进行传代。Hofner等(1995年)建立了检测及鉴定VSV核酸的半巢引物PCR技术，通过选择适当的半巢引物，可以使VSVNewJersey和VSVIndiana血清型扩增出不同的产物，从而达到区别两个血清型病毒的目的。此外，血液样品中的不具感染性的VSV也可以扩增出核酸产物。因此，这一技术还适用于持续性感染的检测。

恢复动物的血清中具有高效价的中和抗体和补体结合抗体，且对同型病毒的再感染具有坚强的免疫力。迄今尚未见有人工免疫接种以及疫苗制造试验的报道。