甲型流感病毒的抗原性比较复杂。甲型流感病毒在哺乳动物和鸟类中的分布很广，这些病毒大多具有独特的表面抗原(HA和NA)。但也有些病毒与人的流感病毒或其它动物的流感病毒之间具有共同的抗原成分。例如马的A/马/迈阿密/63/(Heq－2)、鸭的A/鸭/的A/鸭/乌克兰/62/(Hav－7Neq－2)和人的A3型A/香港/1/68(H3N2)株病毒的HA轻链基本相同。再如鸡的A/鸡/罗斯托克/34/(Hav－1N1)、鸭的A/鸭的A/鸭/德国/68(Hav－6N1)等病毒的NA和人的N1相同。还有一些禽类流感病毒的NA与人的N2相同。必须指出，从不同宿主体内分离获得的甲型流感病毒具有共同的亚型名称，并不必然意味着这些病毒是从一种动物(或人)自然地传播给另一种动物(或人)。郭元吉等通过血清学调查，认为人的绝大多数甲型流感病毒能自然感染家禽、家畜，并进一步支持人甲型流感病毒新亚型可能来源于动物的观点。在鸭血清中发现甲2型血抑抗体。甲2型自1968年起就从人群中消失，但却迄今存在于鸭中。已有证据说明流感病毒可以在火鸡和猪之间发生传播。

〖HT5SS〗各种甲型流感病毒具有共同的型特异性核蛋白和内膜蛋白。在补体结合试验中呈现交叉反应。但用红细胞凝集抑制试验、中和试验、株特异性补体结合试验、ELISA可以检出它们之间的表面抗原。必须指出，在马流感病毒和禽流感病毒之间，存在交叉血凝抑制和补体结合反应。例如，马甲1型流感病毒与禽流感病毒有关，马甲2型流感病毒又与英国鸭流感病毒62毒株和加拿大火鸡63毒株有关，猪流感病毒与人的甲型流感病毒之间也有抗原关系等等。人的甲型流感病毒，其表面抗原(HA和NA)不断地发生变化。这两种表面抗原可以同时发生变异，但更经常的是单独变异；有时是HA变异较大，而NA的变异不明显；有时NA变异较大，而HA的变异不明显。自1933年第一次分离获得流感病毒以来，每隔10～13年发生一次大的质变，迄今已先后出现过四次大变异，出现了甲0、甲1、甲2和甲3等4个新的亚型病毒，每次都引起了人间的大流行。在每个大变异(10～13年)之间，又有许多小变异(量变)，出现小变种，引起中、小流行。这是由于病毒发生变异后，人群原有的免疫力相应失效的缘故。较大的变异使人群的免疫力基本失效，引起大流行；较小的变异则能部分地战胜人群的免疫力，引起较小的流行。人们对于HA或NA抗原的巨大“间断性”变化(如H2→H3)，叫做抗原转变(antigenicshift)，而年复一年的在H2或在H3中查出的微小变化叫做抗原漂移(antigenicdrift)。不同亚型的糖蛋白氨基酸序列有很大差异。糖蛋白基因序列分析及单克隆抗体中和试验的研究结果表明，H3分子至少有3个不同位点发生改变才可能引起部分流行。马流感病毒的抗原性比较稳定。在已分离到的许多毒株中，应用血凝抑制试验、中和试验和ELISA1，迄今只发现两个亚型，即甲1型和甲2型。马甲1型病毒是1956年分离获得的，至今已近40多年。马甲2型病毒是1963年分离获得的，至今已经30年。这两个亚型毒株，虽在历次的流行中见到过微小的抗原变化，但都没有发生变异。我国于1974年分离的马甲1型病毒与1956年从布拉格分离的马甲1型病毒的抗原比(r值)为1∶149，说明这两株病毒的抗原无明显区别。但是荷兰1978～1979年暴发由马流感甲2病毒(Heq－2Neq－2)引起的马流感，已经接种A/布拉格/56(马甲1原亚型)和A/迈阿密/63(马甲2型原亚型)疫苗的马也被感染而且出现临床症状。值得注意的是用A/迈阿密/63株病毒感染雪貂，不能使其产生对1979年分离株的血凝抑制抗体。但是荷兰1270/79或荷兰1288/79株病毒感染的雪貂，其血清中含有的血凝抑制抗体对A/迈阿密/63以及1968和1979年的荷兰分离株具有大致相同的抗体滴度。以荷兰1979年分离株接种，可以保护除A/迈阿密/63株病毒以外的其它荷兰株的感染。据此认为，1978～1979年分离自荷兰的毒株已经与A/迈阿密/63原亚型不同，也就是发生了明显的抗原性变化。禽的流感病毒具有13个不同的HA和9个不同的NA，近年的报道已有16个不同的HA亚型。这两种表面抗原的不同组合，构成不同的毒株。猪的流感病毒毒株具有相同或相似的表面抗原，但也常见发生一些小的变化，因此可用血凝抑制试验和神经氨酸酶抑制试验鉴别出不同的毒株。此外，人的流感病毒可以自然感染其它动物，如人甲3型病毒能自然感染猪，并从猪体内分离获得了A/台湾/69(H3N2)株，其表面抗原和人的A/香港/1/68(H3N2)完全一样。