上述细胞损伤和其它变化，也都发生于感染动物体内。但是，由于机体防卫反应的限制，细胞损伤的范围和程度，可能不同于试管内所见。再者，机体内各种类型的细胞并不呈现同样的病毒感受性，例如传染性软疣主要侵害皮肤上皮细胞，狂犬病病毒主要侵害神经细胞等等。不言而喻，不同类型和不同部位的细胞损伤，对机体的危害性也不一样。皮肤细胞发生损伤时，机体的正常生命活动一般不受明显影响；粘膜细胞的损伤，则常引起比较严重的消化道或呼吸道症状；小血管内皮细胞的损伤，更可招致水肿、出血、梗塞和缺氧等严重病变。而脑细胞和心肌细胞的损伤，则常带来致命性的后果。如前所述，机体内的细胞损伤与试管内培养细胞的细胞损伤有所不同，除病毒直接引起者外，还可能是免疫反应的结果，例如由抗原－抗体复合物或细胞免疫所致的细胞损伤或细胞死亡等。