近年来在真菌分类方面,趋向于采用埃斯沃斯等人的《真菌学辞典》所介绍的分类系统。该分类系统认为真菌不属于低等植物,而是属于单独成立的真菌界。界以下分为黏菌门和真菌 门。真菌门再分为5个亚门:
1、鞭毛菌亚门
营养体单细胞或没有隔膜的菌丝体。孢子或配子,其中之一是可游动的。根据鞭毛的数目和位置,下分为3个纲:壶菌纲、丝壶菌纲和卵菌纲。
2、接合菌亚门
营养体是菌丝体,有性繁殖形成接合孢子。没有游动孢子。根据生活习性或生态特征可分为2个纲:接合菌纲和毛菌纲。
3、子囊菌亚门
营养体是有隔膜的菌丝体,极少数是单细胞。有性繁殖形成子囊和子囊孢子。此亚门不分纲,直接分37个目。
4、担子菌亚门
营养体是有隔膜的菌丝体。有性繁殖形成担孢子。根据担子果的有无以及开裂与否,分为4个纲:层菌纲、腹菌纲、锈菌纲和黑粉菌纲。
5、半知菌亚门
营养体是有隔膜的菌丝体或单细胞。只有无性繁殖阶段,没有或还没有发现其有性繁殖阶段。根据菌丝体有无、发育程度以及分生孢子产生的场所不同,分为2个纲:丝孢菌纲和腔孢菌纲。
关于酵母,虽然从系统分类上讲,它是分属于真菌的有关亚门中,但由于研究酵母的分类方法较研究一般丝状真菌特殊,更多地采用生理性状,因而逐渐形成了自己独特的分类系统。目前比较普遍采用的一种分类系统是罗德的酵母分类系统。在1970年出版的《酵母的分类研究》一书中,记载了37个属,392个种。根据有无有性过程,能否形成子囊孢子、掷孢子、担孢子、冬孢子以及孢子的数目、特点、形状等特征,将这些属种分别归为4大类:
第一类:能产生子囊孢子的酵母,归入子囊菌纲的原子囊菌亚纲的内孢霉目的3个科内。这3个科是:内孢霉科、酵母菌科和蚀精霉科。共22个属,179个种。
第二类:能产生冬孢子和担孢子的酵母,归入担子菌纲异担子菌亚纲的黑粉菌目的黑粉菌科内,共2个属,7个种。
第三类:能产生掷孢子的酵母,归人担子菌纲中不依附于其他目的掷孢酵母科内, 共3个属,14个种。
第四类:不产生子囊孢子、冬孢子和掷孢子的酵母,其有性生殖已经丧失或未被发现。这一类酵母归入半知菌类中的丛梗孢目的隐球酵母科内。共12个属,170个种。
另一种较为普遍采用的酵母菌分类系统是由克润杰在1984年所提出。根据他的分类,酵母菌已增为58个属,500多个种。他把酵母分为3大类:
第一类:子囊菌酵母,包括1个 目,2个科,34个属。
第二类:担子菌酵母,包括1 个 目,1个科,7个属。
第三类:半知菌酵母,包括2个科,17个属。
关于真菌的分类研究,在国内也有不少人做专门研究。其中以中国科学院微生物研究所的一些真菌分类专家为代表,并有不少这方面的专著,如《常见与常用真菌》等。
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