微生物的共代谢是指：只有当初级能源物质存在时微生物才能进行有机化合物的生物降解过程。共代谢不但存在于微生物在正常生长代谢过程中对非生长底物的共同氧化，而且也适用于休止细胞（resting cell）对不利用底物的共同氧化。

许多研究结果表明，微生物只有当初级能源物质存在时才能通过其诱导酶系完成氧化脱氯。例如：以甲烷和甲醇作为初级能源物质，甲烷营养菌就能够共代谢三氯乙烯，并检测到了乙醛酸和三氯乙酸等中间代谢产物；某些能分解代谢苯酚或甲苯的微生物也具有共代谢三氯乙烯及二氯乙烯的能力；一种生长在柠檬酸介质中的细菌能降解多氯乙烯等。究其原因，是因为微生物本身不能直接利用含氯有机化合物，因此必须有其他能被微生物代谢的碳源和能源物质时才能生长，并通过它们在氧化过程所产生的能量使含氯有机化合物氧化降解。

在厌氧环境中，还原脱氯是含氯有机物降解的第一步，因此也必须有其他能够被厌氧微生物利用的底物存在时，通过底物的代谢产生还原功使含氯有机物还原脱氯，因此产甲烷条件有利于氯乙烯和氯乙烷的生物转化。许多在好氧条件下难降解的氯代芳烃，如六氯苯及多氯联苯等也可以通过厌氧微生物的共代谢还原脱氯，形成毒性较小、更容易降解的部分脱氯中间产物，而且发现苯环上氯代程度越高，还原脱氯的速度反而越快。

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