Vogel将氯代脂肪烃的降解区分为两种机理：

  ① 需要外部电子转移体的氧化还原反应；

  ② 不需要外部电子转移体的取代和脱氯作用。

  第一种机理在好氧环境下进行，一般先将氯代烃氧化为醇，再进一步氧化为酸或醛，然后自发分解为二氧化碳和水。三氯乙烯通过甲烷营养菌46-1菌株在甲烷单氧化酶作用下降解过程的第一步是形成三氯乙烯环氧化合物，然后在水溶液中自发水解为醇，再进一步氧化为二氯乙酸、乙醛酸及甲酸。第二种机理发生在厌氧环境中，四氯乙烯在芽孢杆菌作用下逐个进行还原脱氯反应形成乙烯，然后进一步转化为甲烷。在氯代脂肪族化合物中，生物降解的难易次序为：氯代脂肪酸>氯代脂肪醇>氯代烷烃或氯代烯烃；同系物中含氯原子越多，越难降解；分子量大的含氯有机化合物比分子量小的难降解；多氯代物，如四氯乙烯和氯仿，只能在厌氧环境中才能被降解。

  氯代芳烃的降解是从苯环先氧化为酚开始的，然后进一步开环并氧化为酸。以后的降解步骤就与脂肪族化合物类似了。

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