在抗生素分子结构中，经常可以见到各种糖结构单元，低聚糖和氨基环多醇类抗生素更是完全由糖的衍生物所构成。这些糖单元中，有些是非常常见的，如氨基葡萄糖及甘露糖等，有些则只能在次级代谢产物中才能看到，具有特殊结构。

许多实验事实已经证明抗生素中的糖单元一般直接从葡萄糖或其他常见的糖类转化而来，不发生碳原子的重排。在初级代谢中，糖的相互转化一般发生在其端部碳原子形成二磷酸核苷酯而活化后，在抗生素的糖苷合成中有时也能观察到这种现象，下面是一些具体例子。

碳霉糖（Mycarose）是存在于泰乐霉素和大环内酯类抗生素中的一种脱氧糖，其生物合成途径中的两种酶已经鉴别，其中第一种酶脱水酶将脱氧胸苷二磷酸（dTDP）-葡萄糖转化为dTDP-4-酮-6-脱氧葡萄糖；第二种酶差向异构酶进一步将其转化为dTDP-4-酮-L-鼠李糖，但以后的合成途经尚不清楚，图10.4.7显示了碳霉糖的合成途径。链霉糖是链霉素的结构单元，其合成途径的头两步反应与碳霉糖一样，然后dTDP-4-酮-L-鼠李糖被重排为 dTDP-二氢链霉糖，在dTDP-二氢链霉糖装配到抗生素分子上以后发生最终氧化为链霉糖的反应。链霉素中还含有甲基-L-氨基葡萄糖，是D-氨基葡萄糖的衍生物，合成途径包括四个手性中心的转化，但还不清楚具体的反应是怎样进行的。

在有些氨基糖苷类抗生素中，链霉胍和2-脱氧链霉胺是必须的结构单元，虽然它们都从葡萄糖合成，而且结构上具有类似性，但合成途径却并不相同。链霉胍合成途径的关键中间产物是D-myo-肌醇，而2-脱氧链霉胺的中间产物是2-脱氧-scyllo-肌糖。两者的生物合成途径都已经研究清楚。

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