与传统细胞培养不同，一方面重组菌存在质粒丢失倾向，另一方面，由于质粒或宿主细胞的突变，即使质粒没有丢失，也会发生目标蛋白无法表达的问题。而且不含质粒、少含质粒或含有不表达质粒的细胞生长速率将明显高于含质粒、含质粒数量多和质粒能表达目标产物的细胞。因此，随着培养时间增加，不含质粒的宿主菌比例将会越来越高，最终将严重影响目的基因的表达效率。提高工程菌的质粒稳定性需要从质粒构建和培养方法改进两条途径进行。

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