当一个重组菌构建完成后，重组菌的生理代谢和培养条件就成为影响目的基因表达效率的重要因素。重组菌不仅要维持菌体的正常生长而且还要表达外源基因，因此重组菌存在能量分流现象，从而限制了重组菌的高密度培养；重组菌中表达的目标蛋白是宿主细胞的异源物质，往往对细胞存在一定程度的毒性，而且在细胞培养过程中亦会积累乙酸等抑制性有机酸，这些抑制性物质将会严重抑制细胞生长和目的基因的高表达。

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