在细菌、霉菌和植物中次级代谢产物的生物合成常常受到磷酸盐的控制。实际上，在高浓度磷酸盐的培养条件下所有次级代谢产物都将受到抑制，但是对磷酸盐抑制的敏感性却存在很大的差别。不同的产物之间、甚至同一细胞产生的不同次级代谢产物也会有不同的表现。S.clavuligerus发酵生产棒酸或头霉素就是一个典型例子，棒酸的合成受到磷酸盐的抑制，而头霉素的生产则基本上不受影响。因此只要调节磷酸盐的浓度进行培养就可以得到不同的产物。一般而言，如果抗生素的生物合成直接由氨基酸装配而成，它们对磷酸盐浓度的敏感性就比较小，如聚酮类和氨基糖苷类抗生素就是如此。
磷酸盐控制的机理一般是通过对酶合成的阻遏影响抗生素的生物合成，主要受阻遏的酶类是磷酸酶和合成酶。
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