抗生素生产受到高浓度氨离子的抑制是一个普遍存在的现象。事实上，抗生素只有在介质中的大部分氨已被消耗后才会开始合成，因此用缓慢利用的氮源代替氨可以显著增加抗生素产量。在链霉素发酵中用脯氨酸代替氨作为氮源使链霉素的产量提高了约三倍；在大环内酯类抗生素发酵中如在发酵液中加人能固定氨离子的磷酸镁，可以大大提高这类抗生素的产量。
根据对S.clavuligerus生产头孢菌素过程的研究，氨离子的作用不是抑制酶的活性，而是直接阻遏酶的合成，但阻遏的机理尚不十分清楚。在霉菌中，氨离子会抑制许多与氮源利用有关的酶，特别是在曲霉中，氨离子会抑制基因are A的表达，而该基因编码的蛋白质对转录有正调节作用。同样，霉菌中氨离子的阻遏作用和抗生素生物合成的内在联系还有待于进一步研究。
有人对氨离子抑制大环内酯类抗生素合成的机理提出了一种解释。构成大环内酯链的丙酸单元是分枝氨基酸的降解产物，降解的第一步是将氨基酸转化为酮酸，由缬氨酸脱氢酶或缬氨酸转氨酶催化。已经证明氨离子会阻遏和抑制缬氨酸脱氢酶，因此可以将氨基酸对抗生素合成的阻遏归因于缺少足够的前体物质。
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